Zastosowanie metod bioinformatycznych w biologii 2600-ZMBIOL-1-S2

Wykład:
- bazy danych biologicznych - gdzie można je znaleźć, rodzaje, jak je przeszukiwać (bazy relacyjne - przeszukiwanie przy pomocy słów kluczowych,)
- bazy sekwencji - poszukiwanie sekwencji istotnie podobnych do sekwencji kwerendowej - alignmenty, istotność statystyczna alignmentu, działanie BLAST
- sekwencjonowanie DNA - metody, ich wady i zalety, obróbka odczytów

Ćwiczenia:

- Systemy NCBI i EMBL; przeszukiwanie przy pomocy słów kluczowych - konstrukcja zapytań: operatory logiczne, zakresy liczbowe, zapisywanie danych lokalnie

- Przeszukiwanie baz sekwencji - BLAST w systemie NCBI, podstawowe parametry i ich wpływ na wyniki przeszukwania; przypisywanie pozycji taksonomicznej i przypuszczalnej funkcji na podstawie wyników przeszukwania

- Konstrukcja alignmentów wielu sekwencji: program CLUSTAL; interpretacja alignmentów

- Konstrukcja drzew filogenetycznych: program PHYML; interpretacja drzew

- Projektowanie primerów do PCR: programy Primer3plus, OligoAnalyzer i NCBI PrimerBlast

- Analiza bibliotek fragmentów genu 16/18S rRNA: systemy SILVAngs i RDP

Całkowity nakład pracy studenta

3 ECTS = 75 h Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (20 godz.): - udział w wykładach – 5 h - udział w ćwiczeniach -15 h Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (55 godz.) : - przygotowanie do zajęć 10 h, - przygotowanie raportów 30 h, - przygotowanie do egzaminu 15 h

Efekty uczenia się - wiedza

W1: zna bazy danych zawierające informacje biologiczne – K_W12 W2: zna aktualne oprogramowanie umożliwiające przeprowadzenie podstawowych analiz bioinformatycznych -K_W08, K_W12 W3: rozumie działanie podstawowych algorytmów stosowanych w bioinformatyce – K_W08 W4: zna i rozumie metodologię sekwencjonowania genów markerowych do badania zbiorowisk mikroorganizmów – K_W02, K_W08, K_W12 W5: zna i rozumie metodologię sekwencjonowania transkryptomu (RNAseq) – K_W02, K_W08, K_W12

Efekty uczenia się - umiejętności

U1 - Umie dobrać oprogramowanie niezbędne do rozwiązania postawionego problemu – K_U09 U2: umie dobrać parametry dla wybranego oprogramowania – K_U01, K_U03, K_U04 U3: umie wyszukiwać informacje w biologicznych bazach danych i krytycznie interpretować wyniki wyszukiwania – K_U01,K_U04, K_U09 U4: umie przeanalizować dane z sekwencjonowania amplikonów genów markerowych – K_U03, K_U04, K_U07, K_U08, K_U15 U5: umie przeanalizować dane z RNAseq - K_U03, K_U04, K_U07, K_U08, K_U15

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne

K1 - rozumie potrzebę stosowania aktualnego oprogramowania i baz danych – K_K01, K_K03 K2 - rozumie ograniczenia stosowanych metod i algorytmów – K_K06 K3 - potrafi wykonać raport z pracy zespołu badawczego - K_K08, K_K10, K_K11 K4 - krytycznie interpretuje wyniki analiz - K_K06

Metody dydaktyczne podające

- wykład informacyjny (konwencjonalny)

Metody dydaktyczne poszukujące

- laboratoryjna

Metody dydaktyczne w kształceniu online

- metody oparte na współpracy
- metody służące prezentacji treści

Rodzaj przedmiotu

przedmiot obligatoryjny

Wymagania wstępne

Podstawowa znajomość matematyki na poziomie szkoły średniej

Koordynatorzy przedmiotu

Marcin Gołębiewski

Kryteria oceniania

Wykład – pisemne zaliczenie na ocenę: W01, W02, W03, W04, W05.
Laboratorium – zaliczenie na ocenę na podstawie raportów z wykonania zadań badawczych: U01, U02, U03, U04, U05, K01, K02, K03, K04

Praktyki zawodowe

Nie dotyczy

Literatura

Jin Xiong, Podstawy bioinformatyki, , WUW, Warszawa, 2011,
Baxevanis i Ouellette, Bioinformatyka Podręcznik do analizy genów i białek. PWN, Warszawa, 2016
Lesk Wprowadzenie do bioinformatyki, PWN, WArszawa, 2020

Więcej informacji

Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb:

Strona przedmiotu 2600-ZMBIOL-1-S2 w USOSweb