Zastosowanie bioinformatyki w biotechnologii
2600-ZBBBIOT-2-S2
Treści przedmiotu:
1. Wspomagane komputerowo klonowanie.
2. Projektowanie primerów (starterów) do reakcji PCR i sond do hybrydyzacji.
3. Projektowanie doświadczeń mających na celu zbadanie częstości występowania mutacji typu SNP.
4. Analiza bioróżnorodności zbiorowiska mikroorganizmów.
5. Sekwencjonowanie i składanie sekwencji: planowanie sekwencjonowania, składanie, końcowa obróbka sekwencji (finishing).
6. Analiza sekwencji genomowych: przewidywanie genów i sekwencji regulacyjnych
7. Transkryptomika: “RNASeq", identyfikacja genów eksprymowanych różnicowo, identyfikacja genów o zbliżonym wzorze ekspresji
Całkowity nakład pracy studenta
Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (52 godz.):
- udział w wykładach – 10 h
- udział w ćwiczeniach - 30 h
- konsultacje - 12 h
Czas poświęcony na pracę indywidualna studenta (48 godz.) :
- praca własna studenta - 48 h
Łącznie 100 godz. (4 ECTS)
Efekty uczenia się - wiedza
K_W03 - student ma pogłębioną wiedzę z dyscyplin kierunkowych umożliwiającą pracę badawczą i działania praktyczne w zakresie biotechnologii
K_W04 - student definiuje zadanie lub problem badawczy i dobiera właściwe metody eksperymentalne do ich rozwiązania
K_W06 - student ma pogłębioną wiedzę matematyczną w zakresie analizy danych
K_W111 - student zna zaawansowane techniki w zakresie statystyki umożliwiające prognozowanie przebiegu procesów przyrodniczych oraz modelowanie przestrzenne biomolekuł (np. białek)
K_W12 - student zna zaawansowane oprogramowanie i specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne wykorzystywane w biotechnologii
K_W13 - student zna przykłady praktycznego zastosowania metod obliczeniowych z wykorzystaniem odpowiednich narzędzi informatycznych
Efekty uczenia się - umiejętności
K_U04 - student samodzielnie ocenia rzetelność uzyskanych informacji
K_U07 - student wybiera i stosuje samodzielnie metody i narzędzia do wykonania ekspertyz
K_U08 - student stosuje metody statystyczne do analizy i interpretacji danych oraz opisu uzyskanych wyników doświadczeń
K_U09 - student stosuje specjalistyczne narzędzia bioinformatyczne (BLAST, MIRA, Clustal, Muscle, pakiet PHYLIP) do otrzymania i analizy danych o charakterze specjalistycznym
K_U11 - student weryfikuje dane otrzymane w wyniku przeprowadzonych eksperymentów oraz dane literaturowe uzyskane z różnych źródeł
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
K_K01 - student konsekwentnie stosuje i upowszechnia zasadę podnoszenia kompetencji osobistych
K_K02 - student współpracuje w zespole na zasadach partnerskich
K_K03 - student potrafi efektywnie zaplanować pracę zespołu wykorzystując silne i słabe strony członków zespołu
K_K07 - student jest zdolny do rzeczowej i krytycznej oceny poziomu własnej wiedzy i umiejętności
Metody dydaktyczne
Wykład z prezentacją multimedialną.
Ćwiczenia praktyczne - problemy do opracowania w zespołach 2-3 osobowych.
Rodzaj przedmiotu
przedmiot obligatoryjny
Wymagania wstępne
Matematyka na poziomie szkoły średniej, podstawy biologii molekularnej
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Wykład -zaliczenie pisemne, studenci wybierają trzy spośród czterech pytań. Pytania mają charakter opisowy, niekiedy wymagane są proste obliczenia. Badane jest raczej zrozumienie tematu, a nie znajomość definicji.
Ćwiczenia - zaliczenie na podstawie czeterech raportów z zadań praktycznych wykonywanych w 2-3 osobowych zespołach. Oceniana jest poprawność doboru narzędzi i ich parametrów, interpretacja wyników oraz poprawność konstrukcji raportu, w tym sposób zacytowania informacji wspierających tezy raportu.
Praktyki zawodowe
Literatura
1. Baxevanis A.D, Ouelette B.F.F. "Bioinformatyka - podręcznik do analizy genów i białek", PWN Warszawa, 2004
2. Untergasser A., Nijveen H., Rao X., Bisseling T., Geurts R., Leunissen J.A.M. 2007. Primer3Plus, and enhanced web interface to Primer3. Nucl. Acids Res. 35(suppl. 2): W71-W74.
3. You F.M., Huo N., Gu Y.Q., Luo M.-C., Ma Y., Hane D., Lazo G.R., Dvorak J., Anderson O.D. 2008. BatchPrimer3: A high throughput web application for PCR and sequencing primer design. BMC Bioinformatics, 9: 253.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: