Mikrobiologiczne dziedzictwo - bakteryjne DNA kopalne 2600-OG-BK-MIK

Kurs obejmuje zarówno aspekty teoretyczne, jak i praktyczne, pozwalając uczestnikom zrozumieć procesy prowadzące do zachowania materiału genetycznego bakterii w osadach, glebie, lodzie czy materiałach archeologicznych oraz metody jego analizowania.
W pierwszej części zajęć omawiane są właściwości kopalnego DNA, czynniki wpływające na jego degradację oraz problemy wynikające z kontaminacji współczesnym materiałem mikrobiologicznym. Uczestnicy poznają zasady pracy w laboratorium aDNA, w tym procedury minimalizujące ryzyko błędów analitycznych.
Druga część zajęć koncentruje się na metodach izolacji bakteryjnego DNA kopalnego oraz technikach jego wykrywania i analizowania. Uczestnicy zapoznają się z klasycznymi i nowoczesnymi metodami molekularnymi, takimi jak PCR, qPCR, sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) oraz analizą metagenomiczną. Omawiane są również strategie bioinformatyczne stosowane do identyfikacji gatunków bakterii, oceny ich różnorodności oraz rekonstrukcji dawnego mikrobiomu.
W części praktycznej uczestnicy analizują przykładowe zestawy danych sekwencyjnych, uczą się interpretować wyniki, rozpoznawać potencjalne artefakty oraz wyciągać wnioski dotyczące dawnych środowisk. Szczególny nacisk położony jest na interpretowanie danych w kontekście zmian klimatycznych, procesów ekologicznych i ewolucji mikroorganizmów.
Przedmiot kształci umiejętność krytycznej analizy danych, pracy zespołowej oraz odpowiedzialnego podejścia do badań, a także rozwija wiedzę o roli mikroorganizmów w rekonstrukcji historii Ziemi i człowieka.