Identyfikacja i taksonomia mikroorganizmów 2600-MK-ITMBIOL-1-S2

Wykład:
Celem wykładów jest przedstawienie współcześnie stosowanych metod identyfikacji mikroorganizmów, zarówno bakterii jak i grzybów. Omówiona zostanie identyfikacja mikroorganizmów prokariotycznych w oparciu o metody konwencjonalne: morfologię, skład chemiczny ściany komórkowej, obecność inkluzji komórkowych, substancji zapasowych, zdolność do tworzenia pigmentów, klasyfikacja ze względu na sposób odżywiania. Omówione będą wymagania pokarmowe, zdolność do metabolizowania węglowodanów, związków azotu, skład ilościowy i jakościowy produktów fermentacji, stosunek do tlenu, zakres temperatur wzrostu oraz pH, wrażliwość na antybiotyki, typy serologiczne jako cechy wykorzystywane do identyfikacji bakterii. Poza metodami klasycznymi przedstawione zostaną metody biologii molekularnej do identyfikacji bakterii jak skład ilościowy kwasów nukleinowych, analiza sekwencji nukleotydowej genu 16S rRNA oraz homologia kwasów.
W ramach wykładów omówione zostaną kryteria klasyfikacji grzybów, zarówno drożdży jak i strzępkowych. Będzie omówiony sposób rozmnażania generatywnego/ wegetatywnego. U drożdży - cechy morfologiczne komórki, hodowlane na podłożach stałych i płynnych, tworzenie pigmentu, zdolność do tworzenia wegetatywnych spor oraz pseudogrzybni i grzybni, właściwości biochemiczne, budowa ściany komórkowej a także zawartość guaniny i cytozyny w DNA, homologia DNA i sekwencja genu 18S rRNA. Przedstawione będą metody identyfikacji grzybów strzępkowych w oparciu o cechy makroskopowe tworzonej grzybni, kształt konidioforu, sposób tworzenia konidiów i właściwości biochemiczne.
Wykład obejmuje także omówienie metod biofizycznych jak analiza produktów metabolizmu mikroorganizmów lub związków wchodzących w skład struktur komórkowych (analiza białek komórkowych i profili kwasów tłuszczowych) mikroorganizmów oraz metod immunologicznych opartych na specyficznej reakcji przeciwciała z antygenem.
Ćwiczenia:
Ćwiczenia obejmują zastosowanie różnych metod w celu identyfikacji wybranych mikroorganizmów. Prowadzona jest hodowla bakterii na podłożach selektywnych w celu ich wstępnej identyfikacji. Badane są właściwości morfologiczne, hodowlane a także tolerancja wobec inhibitorów wzrostu. Określane są właściwości biochemiczne mikroorganizmów metodami klasycznymi oraz za pomocą testów API i płytek BIOLOG oraz właściwości chemotaksonomiczne mikroorganizmów. W ramach ćwiczeń przeprowadzana jest identyfikacja w oparciu o analizę DNA, poprzedzona izolacją i amplifikacją kwasu nukleinowego. Prowadzona jest również analiza uzyskanych sekwencji z wykorzystaniem odpowiednich baz danych oraz analiza filogenetyczna z wykorzystaniem dedykowanego oprogramowania komputerowego w celu określenia pokrewieństwa między mikroorganizmami. Konstruowane i analizowane są drzewa filogenetyczne.