Identyfikacja i taksonomia mikroorganizmów
2600-MK-ITMBIOL-1-S2
Wykład:
Celem wykładów jest przedstawienie współcześnie stosowanych metod identyfikacji mikroorganizmów, zarówno bakterii jak i grzybów. Omówiona zostanie identyfikacja mikroorganizmów prokariotycznych w oparciu o metody konwencjonalne: morfologię, skład chemiczny ściany komórkowej, zdolność do tworzenia pigmentów, klasyfikacja ze względu na sposób odżywiania. Omówione będą wymagania pokarmowe, zdolność do metabolizowania węglowodanów, związków azotu, skład ilościowy i jakościowy produktów fermentacji, stosunek do tlenu, zakres temperatur wzrostu oraz pH, wrażliwość na antybiotyki, typy serologiczne jako cechy wykorzystywane do identyfikacji bakterii. Wykład obejmuje także omówienie metod chemotaksonomicznych (np. analiza białek komórkowych i profili kwasów tłuszczowych) mikroorganizmów oraz metod immunologicznych opartych na specyficznej reakcji przeciwciała z antygenem.
Poza metodami klasycznymi przedstawione zostaną najnowocześniejsze metody biologii molekularnej do identyfikacji bakterii jak skład ilościowy kwasów nukleinowych, analiza sekwencji nukleotydowej genu 16S rRNA/18S rRNA/ genomów oraz homologia DNA/DNA.
Ćwiczenia:
Ćwiczenia obejmują omówienie różnych metod w celu identyfikacji wybranych mikroorganizmów. W ramach ćwiczeń przeprowadzana jest identyfikacja w oparciu o analizę DNA. Prowadzona jest analiza uzyskanych sekwencji z wykorzystaniem odpowiednich baz danych oraz analiza filogenetyczna i filogenomowa z wykorzystaniem dedykowanego oprogramowania komputerowego w celu określenia pokrewieństwa między mikroorganizmami.
Całkowity nakład pracy studenta
Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (40 godz.) :
10h wykład
30h ćwiczenia
Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (85 godz.) :
praca indywidulana studenta związana z zaliczeniem pisemnym wykładu (40 godz),
przygotowanie do zajęć praktycznych i zaliczenia pisemnego tych zajęć (45 godz).
Łącznie: 125 godzin=5ECTS
Efekty uczenia się - wiedza
W1: Posiada zaawansowaną oraz aktualną wiedzę z zakresu metod wykorzystywanych do identyfikacji mikroorganizmów - K_W01
W2: Wskazuje odpowiednie metody biochemiczne, biofizyczne, biologii molekularnej i immunologiczne oraz procedury badawcze mikroorganizmów stosowane w celu identyfikacji taksonów - K_W03
W3: Opisuje różnorodność struktury i funkcji organizmów – K_W04
W4: Ma wiedzę z zakresu metod biologii molekularnej umożliwiającą ocenę materiału mikrobiologicznego – K_W09
W5: Posiada aktualną wiedzę z zakresu biochemii, genetyki, mikrobiologii i immunologii wykorzystywaną w badaniach identyfikacji drobnoustrojów - K_W10
Efekty uczenia się - umiejętności
U1: Wykorzystuje wiedzę z zakresu bakteriologii, mykologii, biochemii, immunologii, i biologii molekularnej w analizie mikroorganizmów - K_U02
U2: Stosuje zaawansowane techniki analityczne wykorzystywane w identyfikacji mikroorganizmów - K_U03
U3: Wykorzystuje komputer w zakresie koniecznym do wyszukiwania i wykorzystywania baz danych, analizy sekwencji nukleotydowych, sporządzania analiz, tworzenia drzew filogenetycznych i prezentacji wyników - K_U04
U4: Dokonuje analiz i pomiarów, interpretuje uzyskane wyniki, i na ich podstawie opracowuje i prezentuje poprawne wnioski - K_U07
U5: Korzysta z informacji źródłowych w języku polskim i angielskim, wykonuje analizę, syntezę, podsumowuje i dokonuje krytycznej oceny uzyskanych wyników, co umożliwia poprawne wnioskowanie - K_U08
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
K1: Rozumie potrzebę ustawicznego pogłębiania i aktualizowania wiedzy z zakresu metod identyfikacji mikroorganizmów z wykorzystaniem czasopism naukowych, portali i baz danych naukowych.- K_K01
K2: Racjonalnie i krytycznie ocenia informacje pozyskane z literatury i internetu w celu poprawnej identyfikacji mikroorganizmów oraz analizy filogenetycznej - K_K03
K3: Jest krytyczny w odniesieniu do wyników swojej pracy- K_K05
K4: Wykazuje zrozumienie w odniesieniu do wykorzystywania metod informatycznych w opracowaniu i prezentacji wyników i analiz - K_K07
K5: Jest odpowiedzialny za sprzęt, urządzenia, materiał biologiczny oraz pracę własną i innych - K_K09
Metody dydaktyczne
wykład – prezentacja multimedialna
Ćwiczenia laboratoryjne, praca przy komputerach – analiza danych
Metody dydaktyczne podające
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
Rodzaj przedmiotu
przedmiot obligatoryjny
Wymagania wstępne
Znajomość mikrobiologii ogólnej i podstaw genetyki
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Zaliczenie wykładu: opracowanie pisemne
Ćwiczenie – zaliczenie na ocenę (Kolokwium)
55-65% dostateczny, >65-75% dostateczny plus, >75-85% dobry, >85-95% dobry plus, >95% bardzo dobry
Praktyki zawodowe
Literatura
Z. Libudzisz i K. Kowal. Mikrobiologia techniczna. Politechnika Łódzka, 2012
M.K. Błaszczyk. Mikrobiologia Środowisk. PWN. 2010
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: