Podstawy proteomiki 2600-K6-PP-BIOT

Ćwiczenia laboratoryjne mają na celu uzyskanie podstawowych wiadomości dotyczących analizy i identyfikacji białek metodami elektroforetycznymi.
1. Identyfikacja izoform katalazy metodą zymografii połączonej z natywną elektroforezą w żelu poliakryloamidowym. Ilościowe oznaczanie aktywności katalazy i stężenia nadtlenku wodoru w materiale roślinnym metodą spektrofotometrii w UV
2. Zastosowanie elektroforezy Blue Native w analizie kompleksów białek surowicy krwi
3. Wyznaczanie masy cząsteczkowej białka metodą elektroforezy w warunkach denaturujących (SDS-PAGE).
4. Analiza modyfikacji potranslacyjnej białek: detekcja karbonylacji białek metodą dot-blot (immunochemiczną). Ilościowe oznaczenie produktów karbonylacji białek metodą kolorymetryczną

Konwersatorium: przygotowanie i wygłoszenie referatów wspomaganych prezentacją PowerPoint na tematy:
1. Koimmunoprecypitacja, pull down assay, Far-Western- metody badań białko-białko
2. Elektroforeza dwukierunkowa w analizie profili białkowych w wybranych chorobach
3. Elektroforeza Blue Native PAGE w diagnostyce chorób mitochondrialnych
4. Ogniskowanie izoelektryczne
5. Identyfikacja sekwencji aminokwasowej białek metodą degradacji Edmana

Całkowity nakład pracy studenta

Godziny realizowane z udziałem nauczycieli- (30 godzin) : -udział w zajęciach laboratoryjnych -30 godz. Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (32,5 godz.) . praca indywidualna studenta - 15 godzin - przygotowanie studenta do zajęć i zaliczenia- 17,5 godz Łącznie 62,5 godz. (2,5 ECTS)

Efekty uczenia się - wiedza

Student definiuje pojęcia: proteom, genom, transkryptom, elektroforeza, chromatografia. Student wymienia techniki stosowane w oczyszczaniu białek: chromatografia jonowymienna, chromatografia powinowactwa, sączenie żelowe, chromatografia oddziaływań hydrofobowych, chromatografia w odwróconym układzie faz, elektroforeza, ogniskowanie izoelektryczne, chromatofocusing. Zna typy oddziaływań pomiędzy białkami. Zna podstawowe zagadnienia z biochemii, chemii organicznej i analizy instrumentalnej. Student posiada podstawowe wiadomości dotyczące oczyszczania i charakterystyki białek. Student zna podstawowe terminy dotyczące oddziaływań białko-białko. Zna zasady przygotowania preparatu białka do analiz proteomicznej. K_W01, K_W03, K_W04, K_W05, K_W14

Efekty uczenia się - umiejętności

Student: - posługuje się pojęciami z zakresu biochemii, -posiada umiejętność opisu procedury oczyszczania białek, -potrafi wykonać elektroforetyczny rozdział białek według załączonej instrukcji, -potrafi opracować i krytycznie ocenić wyniki otrzymane w toku ćwiczeń laboratoryjnych - potrafi zaprezentować referat wykorzystując literaturę podaną przez osobę prowadzącą zajęcia i wyszukaną we własnym zakresie K_U01, K_U02,K_U04, K_U05, K_U11, K_U12

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne

Student: - jest odpowiedzialny za bezpieczeństwo pracy własnej i innych - potrafi pracować w zespole, - ma krytyczne podejście do wiadomości związanych z proteomiką przekazywanych w środkach masowego przekazu, - zna ograniczenia własnej wiedzy i umięjętności, - dba o powierzony mu sprzęt K_K02, K_K08, K_K10

Metody dydaktyczne

laboratorium - samodzielna praca eksperymentalna studentów pod kierunkiem opiekuna konwersatorium - referaty przygotowane przez studentów

Metody dydaktyczne poszukujące

- referatu
- laboratoryjna
- ćwiczeniowa
- doświadczeń

Rodzaj przedmiotu

przedmiot fakultatywny

Wymagania wstępne

biochemia, chemia ogólna, chemia organiczna

Koordynatorzy przedmiotu

Maciej Ostrowski

Kryteria oceniania

zaliczenie na ocenę na podstawie:
- pisemnego kolokwium w formie testu wyboru (jedna odpowiedź prawidłowa spośród 4 wariantów) obejmująca wiadomości z instrukcji do ćwiczeń oraz materiał realizowany na zajęciach (proste przeliczenia stężeń)
- przedstawionego referatu oraz dyskusji podczas konwersatorium
Ocenę dostateczną uzyskają studenci których suma punktów stanowi- 55-60%, dostateczny plus - 61-70%, dobry - 71-80%, dobry plus 81-90%, bardzo dobry - 91-100% maksymalnej ilości punktów.

K_W03, K_W04, K_U01, K_U02, K_U04

Praktyki zawodowe

brak

Literatura

Literatura podstawowa:
1. Kłyszejko-Stefanowicz L. "Ćwiczenia z biochemii" PWN Warszawa
2. Doonan S. "Białka i peptydy" PWN Warszawa

Literatura uzupełniająca:
1. Sillbering J. (red.) Proteomika i metabolomika. Wyd. Uniwersytetu Warszawskiego
2. Zabel M. "Immunocytochemia"
3.Kątnik-Prastowska I. (red.) Immunochemia w biologii medycznej. Metody laboratoryjne. Wydawnictwo Naukowe PWN
artykuły przeglądowe w czasopismach o zasięgu krajowym (np "Postępy Biochemii") i międzynarodowym

Więcej informacji

Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb:

Strona przedmiotu 2600-K6-PP-BIOT w USOSweb