Metody analizy niskocząsteczkowych kwasów nukleinowych
2600-DM-MKN-1-S2
Treści programowe wykładów będą dotyczyć: dróg biogenezy miRNA, siRNA, tasiRNA i piRNA ze szczelnym uwzględnieniem różnic w tych procesach u roślin i zwierząt; metod analizy niskocząteczkowych RNA takich jak ocena jakości wyizolowanego RNA, ilościowy PCR, RIP (RNA immunopercipitation), sekwencjonowania mikrotrnaskryptomu, technik in situ stosowanych do analizy miRNA. Ponadto poruszone zostaną zagadnienia dotyczące niskocząsteczkowego RNA jako cząsteczki markerowej w: procesie patogenezy, odpowiedzi roślin i zwierząt na stresy biotyczne i abiotyczne oraz poszczególnych etapach rozwoju organizmu.
Na zajęciach laboratoryjnych student pozna techniki: izolacji niskocząsteczkowych RNA, elektroforezy w żelu poliakrylamidowym, odwrotnej transkrypcji, rekcji PCR pri-miRNA i dojrzałych miRNA, analizy wewnątrzkomórkowej krótkich RNA i elementów jego biogenezy. Na zajęciach student zapozna się z możliwością zastosowania mutantów funkcyjnych oraz zwierających geny fuzyjne z białkami fluorescencyjnymi w celu badania biogenezy oraz poziomu ekspresji miRNA.
Całkowity nakład pracy studenta
Godziny realizowane z udziałem nauczycieli (26 godz.):
- udział w wykładach - 8
- udział w ćwiczeniach laboratoryjnych - 18
Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta (44 godz.):
- przygotowanie do ćwiczeń - 20
- przygotowanie do kolokwiów - 20
- konsultacje i praca z nauczycielem akademickim - 4
Łącznie: 70 godz. (3 ECTS)
Efekty uczenia się - wiedza
W1 ma pogłębioną wiedzę teoretyczną dotyczącą biologii molekularnej, w tym metod wykorzystywanych w celach diagnostycznych i badawczych - K_W01
W2: posiada wiedzę z zakresu markerów molekularnych oraz ich wykorzystania do celów diagnostycznych i badawczych - K_W04
W3: zna metody analizy struktury i funkcji komórek oraz badania struktury i aktywności biomolekuł (DNA, RNA i białek) - K_W06
W4 ma pogłębioną wiedzę z dyscyplin kierunkowych umożliwiającą pracę badawczą i działania praktyczne w zakresie diagnostyki molekularnej - K_W19
Efekty uczenia się - umiejętności
U1: wykorzystuje wiedzę dotyczącą struktury i właściwościami biomolekuł (sond molekularnych, przeciwciał, enzymów, rekombinowanych kwasów nukleinowych i białek), w tym cząsteczek chimerowych, do przeprowadzenia analiz diagnostycznych i procesu badawczego - K_U04
U2: proponuje i stosuje właściwe metody identyfikacji biomolekuł oraz techniki badania ich struktury i aktywności - K_U05
U3 potrafi wykorzystać wiedzę dotyczącą możliwości i ograniczeń technik stosowanych w diagnostyce molekularnej - K_U11
U4 posługuje się specjalistyczną terminologią oraz nomenklaturą biologiczną i terminami specjalistycznymi z zakresu biologii molekularnej, biotechnologii, genetyki i inżynierii genetycznej, mikrobiologii i biochemii - K_U13
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
K1: jest odpowiedzialny i zdeterminowany w dążeniu do celu przestrzegając odpowiednich zasad, norm i procedur - K_K02
K2: potrafi pracować w zespole, zarówno kierując i koordynując działania zespołu, jak i wykonując powierzone zadania - K_K09
K3: krytycznie analizuje wyniki własnych badań i badań innych autorów i ma świadomość konieczności podejmowania
działań podnoszących wartość badań i zwiększających efektywność pracy - K_K10
Metody dydaktyczne
Metody dydaktyczne podające:
- wykład informacyjny z prezentacjami multimedialnymi
Metody dydaktyczne poszukujące:
- ćwiczenia laboratoryjne: wstęp teoretyczny - prezentacja multimedialna, dyskusja. Cześć praktyczna - wykonywanie zadań zgodnie z instrukcją ćwiczeń w 2-4 osobowych zespołach (zależnie od tematu ćwiczeń), niekiedy pokaz dla całej grupy. Doświadczenia wykonywane przez studentów będą nadzorowane przez osobę prowadzącą zajęcia. Ze względu na bezpieczeństwo i higienę pracy (m.in. szkodliwe odczynniki chemiczne) oraz aparaturę badawczą, konieczne jest prowadzenie zajęć w grupach 8-12 osobowych. Ponadto ograniczona ilość osób w grupach warunkuje możliwość pełnego korzystania przez studentów z laboratorium oraz specjalistycznego sprzętu.
Metody dydaktyczne eksponujące
- pokaz
Metody dydaktyczne podające
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład problemowy
- opis
Metody dydaktyczne poszukujące
- laboratoryjna
- doświadczeń
- ćwiczeniowa
- projektu
- referatu
- obserwacji
Rodzaj przedmiotu
przedmiot obligatoryjny
Wymagania wstępne
Student ma podstawową wiedzę z zakresu biologii komórki, biochemii i genetyki.
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Metoda oceniania:
Zaliczenie na ocenę (test końcowy) - K_W01, K_W04, K_W06, K_W19, aktywność w trakcie zajęć - K_K02, K_K09, K_K03
Kryteria oceniania:
- co najmniej 80% frekwencja na zajęciach
- wymagany próg (zaliczenie końcowe):
60% - dostateczny
61-68% - dostateczny plus
69-76% - dobry
77-84% - dobry plus
85-100% - bardzo dobry
Praktyki zawodowe
Literatura
1. Allison LA. Podstawy biologii molekularnej. Wydawnictwo Uniwersytetu warszawskiego, 2009;
2. Paddison PJ. Vogt PK. RNA Interference. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2008;
3. Dalmay T. MicroRNAs in Development. Springer-Verlag Berlin Heidelberg, 2011;
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: