Genomika i transkryptomika 2600-BK-GTBIOL-2-S2

1. Możliwości i ograniczenia redukcjonistycznego i holistycznego podejścia do badania układów biologicznych
2. Koncepcja biologii systemów
3. Współczesne technologie sekwencjonowania
4. Metody konstrukcji bibliotek do sekwencjonowania
5. Plan doświadczenia genomicznego
6. Plan doświadczenia transkryptomicznego
7. Dobór metod doświadczalnych
7. Analiza wyników doświadczenia genomicznego – składanie sekwencji
8. Analiza wyników doświadczenia genomicznego – analiza sekwencji genomowej
9. Analiza wyników doświadczenia transkryptomicznego – identyfikacja genów różnicowo eksprymowanych
10. Analiza wyników doświadczenia transkryptomicznego – identyfikacja SNP

Całkowity nakład pracy studenta

Uczestnictwo w wykładzie – 30 godzin Praca własna studenta – 100 godzin

Efekty uczenia się - wiedza

W1 – zna współczesne metody sekwencjonowania DNA – K_W01, K_W03, K_W09 W2 – zna metody przygotowania materiału do analiz genomicznych i transkryptomicznych - W3 – zna oprogramowanie odpowiednie do analizy danych sekwencyjnych – K_W08, K_W12 W4 – wie jak interpretować wyniki analiz genomicznych i transkryptomicznych w duchu biologii systemów – K_W10, K_W15

Efekty uczenia się - umiejętności

U1 – umie zaplanować doświadczenia genomiczne i transkryptomiczne – K_U02, K_U07 U2 – umie dobrać metody doświadczalne do celów analiz – K_U02, K_U03 U3 – umie świadomie dobrać oprogramowanie do analizy danych sekwencjnych – K_U01, K_U04 U4 – umie krytycznie zinterpretować wyniki analiz bioinformatycznych i zrefereować je – K_U08, K_U15

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne

K1 – śledzi rozwój metodologii w zakresie genomiki i transkryptomiki – K_K01, K_K02 K2 – jest świadomy ograniczeń stosowanych metod – K_K06 K3 – jest świadomy konieczności zastosowania właściwych narzędzi i metod statystycznych - K_K08

Metody dydaktyczne

wykład z prezentacją multimedialną

Metody dydaktyczne podające

- wykład informacyjny (konwencjonalny)

Rodzaj przedmiotu

przedmiot obligatoryjny

Wymagania wstępne

Znajomość statystyki na poziomie umożliwiającym zrozumienie koncepcji genu różnicowo eksprymowanego (w szczegolności pojęcie FDR – False Discovery Rate). Znajomość biochemii i biologii molekularnej na poziomie umożliwiającym zrozumienie współczesnych metod sekwencjonowania i przygotowania bibliotek.

Koordynatorzy przedmiotu

Marcin Gołębiewski

Kryteria oceniania

Ocena będzie wystawiana na podstawie prezentacji przygotowanej przez studentów.
Prezentacja powinna obejmować plan doświadczenia wraz z doborem właściwych technik doświadczalnych i oprogramowania oraz omówienie wyników wybranego doświadczenia opisanego w literaturze.

Praktyki zawodowe

Nie dotyczy

Literatura

Genomy, TA Brown, 2019 PWN, Warszawa

Więcej informacji

Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb:

Strona przedmiotu 2600-BK-GTBIOL-2-S2 w USOSweb