Diagnostyka mikrobiologiczna XXI wieku
1700-EMNMM-DM-PS
W trakcie zajęć uczestnik zostaje zapoznany teoretycznie i nabywa praktyczną umiejętność wykorzystania do celów diagnostycznych w mikrobiologii:
• metod szybkiej diagnostyki chorób zakaźnych z wykorzystaniem metod biologii molekularnej, tj. diagnostyka syndromiczna
• metod molekularnych do wykrywania i oceny lekowrażliwości bakterii wywołujących sepsę – analiza morfokinetyczna i fluorescencyjna
• metod molekularnych w wykrywaniu mechanizmów antybiotykooporności u wybranych bakterii, grzybów chorobotwórczych i wirusów
• metod molekularnych w szybkiej identyfikacji drobnoustrojów oraz mikrobiologicznej diagnostyce sepsy – metoda MALDI TOF
• metod molekularnych w szybkim wykrywaniu wybranych mechanizmów antybiotykooporności bakterii - metoda LAMP
• metod molekularnych w diagnostyce zakażeń wywoływanych przez drobnoustroje trudnohodowlane lub niehodowlane (nowoczesna diagnostyka chorób przenoszonych drogą płciową, gruźlicy, zakażeń Helicobacter pylori; aparaty BD MAX i Biofire FilmArray)
• metody rezonansu magnetycznego do wykrywania drobnoustrojów bezpośrednio w próbkach krwi (aparat T2)
• metod wykrywania potencjału toksynotwórczego oraz innych czynników wirulencji drobnoustrojów; ocena występowania/ekspresji genów u bakterii chorobotwórczych i lekoopornych
• metod molekularnych w szybkich analizach epidemiologicznych (aparat IR Biotyper)
W czasie zajęć wszystkie metody omawiane są w kontekście analizy przypadków klinicznych, w kórych rozpoznaniu zostały one wykorzystane
Całkowity nakład pracy studenta
1. Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi:
- udział w wykładach: 2 godziny
- udział w seminariach: 7 godzin
- udział w laboratoriach: 7 godzin
Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi 16 godzin, co odpowiada punktom 0,64 ECTS.
2. Bilans nakładu pracy uczestnika studiów podyplomowycha:
- udział w wykładach: 2 godziny
- udział w seminariach: 7 godzin
- udział w laboratoriach: 7 godzin
- czytanie wybranego piśmiennictwa naukowego: 15 godzin
- przygotowanie do laboratoriów: 15 godzin
- przygotowanie do seminariów: 8 godzin
- przygotowanie do wykładów: 2 godzin
- przygotowanie do zaliczenia i zaliczenie: 8 godzin
- przygotowanie do egzaminu i egzamin: 11 godzin
Łączny nakład pracy uczestnika studiów podyplomowycha związany z realizacją przedmiotu wynosi 75 godzin, co odpowiada 3 punktom ECTS.
Efekty uczenia się - wiedza
Uczestnik studiów podyplomowych zna i rozumie:
W.1 budowę i zasady izolacji kwasów nukleinowych (DNA i RNA) metodami manualnymi oraz z wykorzystaniem izolatorów automatycznych, zna zasady oceny jakości uzyskanego materiału genetycznego, np. metodą spektrofotometryczną i fluorymetryczną; EUS_W03
W.2 teoretyczne podstawy najczęściej stosowanych metod molekularnych w medycznych laboratoriach diagnostycznych (m.in. PCR, RT PCR, real-time PCR), kryteria doboru i jakości materiału genetycznego do celów diagnostycznych oraz przydatność wybranych rodzajów materiału klinicznego do zastosowania w danej metodzie; EUS_W04
W.3 klasyczne metody molekularne stosowane w diagnostyce mikrobiologicznej oraz możliwości alternatywnej diagnostyki mikrobiologicznej, w tym metodologię badania ekspresji genów mikroorganizmów, syntezy i analizy białek oraz lotnych związków organicznych; EUS_W06
W.4 zasady szybkiej diagnostyki chorób zakaźnych z wykorzystaniem metod biologii molekularnej, pojęcie diagnostyki syndromicznej oraz metody molekularne stosowane w wykrywaniu antybiotykooporności wybranych bakterii, grzybów chorobotwórczych i wirusów; EUS_W07
W.5 metodologię alternatywnych metod stosowanych w diagnostyce mikrobiologicznej: wykrywania potencjału toksynotwórczego, innych wybranych czynników wirulencji drobnoustrojów oraz oceny występowania genów drobnoustrojów chorobotwórczych i antybiotykoopornych, ultranowoczesne metody molekularne, m.in. metodę rezonansu magnetycznego do wykrywania drobnoustrojów bezpośrednio w próbkach krwi, metody molekularne w oparciu o spektrometrię mas oraz spektrometrę w podczerwieni stosowane w szybkiej identyfikacji drobnoustrojów oraz do szybkich analiz epidemiologicznych; EUS_W08
Efekty uczenia się - umiejętności
Uczestnik studiów podyplomowych potrafi:
U.1 izolować kwasy nukleinowe z wybranych rodzajów materiału badanego oraz ocenić jakości i przydatności uzyskanego materiału genetycznego do dalszych celów diagnostycznych; EUS_U02
U.2 planować i biegle stosować podstawowe metody molekularne oraz analizować przypadki kliniczne dzięki wynikom uzyskanym metodami molekularnymi celem, m.in. szybkiej identyfikacji drobnoustrojów, mikrobiologicznej diagnostyki sepsy, szybkim wykrywaniu mechanizmów antybiotykooporności drobnoustrojów; EUS_U03
U.3 stosować metody molekularne w wykrywaniu oraz analizuje przypadki zakażeń drobnoustrojami trudno-hodowlanymi i niehodowlanymi (m.in. nowoczesna diagnostyka chorób przenoszonych drogą płciową, gruźlicy, zakażeń Helicobacter pylori); EUS_U03
U.4 obsługiwać wyposażenie stosowane w medycznych laboratoriach diagnostycznych, w tym aparaturę do diagnostyki syndromicznej; EUS_U04
U.5 wykorzystać metody molekularnych do wykrywania i oceny antybiotykowrażliwości bakterii wywołujących sepsę (analiza morfokinetyczna i fluorescencyjna) oraz interpretować wyniki analizy przypadków klinicznych sepsy; EUS_U05
U.6 przeprowadzać analizę różnych przypadków klinicznych zdiagnozowanych z wykorzystaniem metod molekularnych stosowanych w medycznym laboratorium diagnostycznym; EUS_U09
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
Uczestnik studiów podyplomowych powinien być gotów do:
K.1 dobrania i uzasadnienia przełożonym doboru określonych metod molekularnych w diagnostyce, w tym uargumentowania ich znaczenie w mikrobiologicznej diagnostyce chorób zakaźnych; EUS_K05
K.2 określenia wady i zalety diagnostyki syndromicznej oraz doradzenia w wyborze optymalnej diagnostycznej metody molekularnej do szybkiego i wiarygodnego wykrywania np. patogenów i ich antybiotykooporności; EUS_K06
Metody dydaktyczne
Wykład:
- wykład informacyjny (konwencjonalny);
- wykład problemowy z prezentacją multimedialną.
Seminarium:
- wykład problemowy z prezentacją multimedialną.
- analiza przypadków.
Laboratoria:
- klasyczna metoda problemowa,
- metoda ćwiczeniowa,
- metoda laboratoryjna,
- metoda obserwacji,
- studium przypadku.
Wymagania wstępne
Uczestnik powinien posiadać podstawową wiedzę z zakresu mikrobiologii, diagnostyki mikrobiologicznej oraz metod biologii molekularnej
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Ukierunkowana obserwacja i obserwacja ciągła podczas ćwiczeń (realizacja i prezentacja wykonanych zadań), kolokwium testowe sprawdzające wiedzę uzyskaną w trakcie realizacji przedmiotu, czyli nabycie przez uczestnika wiedzy teoretycznej na temat nowoczesnych i szybkich metod molekularnych stosowanych w mikrobiologicznym laboratorium diagnostycznym oraz praktycznych umiejętności obsługi dostępnej aparatury do diagnostyki metodami molekularnymi w laboratorium mikrobiologii klinicznej oraz podstaw umiejętności doboru metodologii badawczej i aparatury do diagnostyki molekularnej stosowanej w ultranowoczesnym laboratorium mikrobiologicznym.
Egzamin po realizacji wszystkich zajęć z modułu II.
Przedmiot kończy się zaliczeniem na ocenę, która uzyskiwana jest na podstawie testu końcowego zaliczeniowego otwartego i/lub wielokrotnego wyboru.
Uzyskane punkty przelicza się na oceny według następującej skali:
Procent punktów Ocena
≥92% Bardzo dobry
84-91% Dobry plus
76-83% Dobry
68-75% Dostateczny plus
60-67% Dostateczny
<60% Niedostateczny
Ukierunkowana obserwacja uczestnika studiów podyplomowych podczas zajęć: ≥ 60% (U1-U5)
Obserwacja przedłużona: ≥ 50% (K1, K2)
Kolokwium: ≥ 60% (W1-W5, U1-U6, K1-K2)
Egzamin po realizacji wszystkich zajęć z modułu II: ≥ 60% (W1-W5, U1-U6, K1-K2)
Praktyki zawodowe
Literatura
Literatura podstawowa:
1. Szewczyk E. Diagnostyka bakteriologiczna, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2020
2. Murray P.R., Rosenthal K.S., Pfaller M.A., Mikrobiologia, Urban i Partner, 2019
3. Krawczyk B., Kur J. Diagnostyka molekularna w mikrobiologii, Wydawnictwo Politechniki Gdańskiej, 2008
4. Baj J., Markiewicz Z. Biologia molekularna bakterii, Wydawnictwo Naukowe PWN, 2023
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: