Zajęcia fakultatywne: Genetyczne bazy danych wykorzystywane w onkologii
1700-A-GENBAZON
Laboratoria
Liczne badania wskazują, że w trakcie karcynogenezy wiele procesów komórkowych (tj. proliferacja, apoptoza) ulega przeprogramowaniu nadając komórce możliwość niekontrolowanego namnażania i w konsekwencji rozwoju guza nowotworowego. Sugeruje się, że głównym czynnikiem sprawczym tych zmian funkcjonalnych w komórce są mutacje somatyczne i/lub dziedziczne w genomie jądrowym. W związku z powyższym zajęcia „Genetyczne bazy danych wykorzystywane w onkologii” dotyczyć będą tych mutacji w genach ludzkich, które zmieniają jakościowo i/lub ilościowo funkcję kodowanych białek i w konsekwencji zmieniają procesy komórkowe prowadząc do karcynogenezy. Laboratoria informatyczne „Genetyczne bazy danych wykorzystywane w onkologii” umożliwią zapoznanie studentów z bazami danych oraz narzędziami bioinformatycznymi mającymi zastosowanie w analizie sekwencji nukleotydowej genów, dla których badania funkcjonalne wykazały zaangażowanie w proces nowotworzenia. Wart przy tym zauważyć, że badania pełnogenomowe prowadzone w dziedzinie onkologii w ostatnich latach unaoczniają ogromną złożoność molekularnego profilu genetycznego różnych typów raka, co w pewnym stopniu uzależnione jest od rodzaju tkanki i/lub stadium rozwoju nowotworu.
W związku z powyższym, program zajęć obejmie laboratoria informatyczne, w trakcie których student pozna referencyjne bazy danych oraz narzędzia bioinformatyczne pozwalające scharakteryzować zmienność nukleotydową lokalizującą w obrębie genów, których produkty zaangażowane są w proces transformacji nowotworowej u człowieka. Ponadto studenci scharakteryzują w trakcie zajęć w jakim zakresie mutacje w genach powiązanych z rakiem powodują zmiany w strukturze kodowanych przez nich białek i w konsekwencji w fenotypie klinicznym.
W konsekwencji student uczestniczący w zajęciach zapozna się z referencyjnymi bazami danych oraz narzędziami bioinformatycznymi, które są standardowo wykorzystywane w genetyce onkologicznej, przygotowywaniu raportów medycznych czy też opracowywaniu nowych środków farmakologicznych w leczeniu nowotworów.
|
W cyklu 2024/25L:
Laboratoria
Liczne badania wskazują, że w trakcie karcynogenezy wiele procesów komórkowych (tj. proliferacja, apoptoza) ulega przeprogramowaniu nadając komórce możliwość niekontrolowanego namnażania i w konsekwencji rozwoju guza nowotworowego. Sugeruje się, że głównym czynnikiem sprawczym tych zmian funkcjonalnych w komórce są mutacje somatyczne i/lub dziedziczne w genomie jądrowym. W związku z powyższym zajęcia „Genetyczne bazy danych wykorzystywane w onkologii” dotyczyć będą tych mutacji w genach ludzkich, które zmieniają jakościowo i/lub ilościowo funkcję kodowanych białek i w konsekwencji zmieniają procesy komórkowe prowadząc do karcynogenezy. Laboratoria informatyczne „Genetyczne bazy danych wykorzystywane w onkologii” umożliwią zapoznanie studentów z bazami danych oraz narzędziami bioinformatycznymi mającymi zastosowanie w analizie sekwencji nukleotydowej genów, dla których badania funkcjonalne wykazały zaangażowanie w proces nowotworzenia. Wart przy tym zauważyć, że badania pełnogenomowe prowadzone w dziedzinie onkologii w ostatnich latach unaoczniają ogromną złożoność molekularnego profilu genetycznego różnych typów raka, co w pewnym stopniu uzależnione jest od rodzaju tkanki i/lub stadium rozwoju nowotworu.
W związku z powyższym, program zajęć obejmie laboratoria informatyczne, w trakcie których student pozna referencyjne bazy danych oraz narzędzia bioinformatyczne pozwalające scharakteryzować zmienność nukleotydową lokalizującą w obrębie genów, których produkty zaangażowane są w proces transformacji nowotworowej u człowieka. Ponadto studenci scharakteryzują w trakcie zajęć w jakim zakresie mutacje w genach powiązanych z rakiem powodują zmiany w strukturze kodowanych przez nich białek i w konsekwencji w fenotypie klinicznym.
W konsekwencji student uczestniczący w zajęciach zapozna się z referencyjnymi bazami danych oraz narzędziami bioinformatycznymi, które są standardowo wykorzystywane w genetyce onkologicznej, przygotowywaniu raportów medycznych czy też opracowywaniu nowych środków farmakologicznych w leczeniu nowotworów. |
Całkowity nakład pracy studenta
1. Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi:
– udział w ćwiczeniach: 15 godzin
Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi: 15 godzin, co odpowiada 0,6 punktu ECTS.
2. Bilans nakładu pracy studenta:
– udział w ćwiczeniach: 15 godzin
– przygotowanie do ćwiczeń (w tym czytanie wskazanej literatury): 5 godzin
– przygotowanie do zaliczenia i zaliczenie (praktyczne i pisemne): 4 + 1 = 5 godzin
Łączny nakład pracy studenta wynosi 25 godzin, co odpowiada 1 punktowi ECTS.
3. Bilans nakładu pracy studenta o charakterze praktycznym:
Nie dotyczy
4. Czas wymagany do odbycia obowiązkowej praktyki – nie dotyczy
Efekty uczenia się - wiedza
W1: etapy cyklu komórkowego, w tym molekularne aspekty jego regulacji. A.W04.
W2: budowę, właściwości fizykochemiczne i funkcje kwasów nukleinowych A.W07.
W3: przeciwwskazania leków. A.W12.
W4: podstawowe narzędzia informatyczne wykorzystywane w medycynie laboratoryjnej, w tym medyczne bazy danych, arkusze kalkulacyjne B.W19.
W5: wybrane choroby, ich symptomatologię i etiopatogenezę. D.W02.
W6: rolę laboratoryjnych badań diagnostycznych w rozpoznawaniu schorzeń i rokowaniu. D.W03.
W7: patogenezę i symptomatologię chorób nowotworowych E.W03.
W8: funkcje genomu człowieka oraz procesy replikacji, naprawy i rekombinacji kwasu deoksyrybonukleinowego (DNA), transkrypcji i translacji oraz degradacji DNA. E.W06.
W9: zasady i zastosowanie technik biologii molekularnej. E.W08.
W10: podstawy genetyki klasycznej, populacyjnej i molekularnej. E.W10.
W11: wskazania oraz metody laboratoryjne używane do genetycznej diagnostyki predyspozycji do nowotworów. E.W12.
W12: podstawy genetyczne różnych chorób oraz genetyczne mechanizmy nabywania lekooporności. E.W13.
Efekty uczenia się - umiejętności
U1: wykorzystywać wiedzę biochemiczną do analizy i oceny procesów patologicznych, w tym do oceny wpływu leków i substancji toksycznych na te procesy. A.U04.
U2: analizować piśmiennictwo medyczne, w tym w języku obcym, oraz wyciągać wnioski w oparciu o dostępną literaturę. C.U12.
U3: korzystać z genetycznych baz danych, w tym internetowych, i wyszukiwać potrzebne informacje za pomocą dostępnych narzędzi. E.U13.
U4: zinterpretować wyniki badań genetycznych i molekularnych oraz zapisać je, używając obowiązującej międzynarodowej nomenklatury. E.U16.
U5: oceniać wartość diagnostyczną badań i ich przydatność w procesie diagnostycznym. E.U19.
U6: przeprowadzać krytyczną analizę informacji zawartych w publikacjach naukowych dotyczących zagadnień medycyny laboratoryjnej. E.U27.
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
W zakresie kompetencji społecznych absolwent jest gotów do:
K1: E.K01 przyjęcia odpowiedzialności związanej z decyzjami podejmowanymi w ramach działalności zawodowej, w tym w kategoriach bezpieczeństwa własnego i innych osób. E.K01.
K2: dostrzegania i rozpoznawania własnych ograniczeń, dokonywania samooceny deficytów i potrzeb edukacyjnych. A.K01.
K3: korzystania z obiektywnych źródeł informacji naukowej. B.K01.
K4: podejmowania działań zawodowych z szacunkiem do pracy własnej i innych ludzi oraz dbania o powierzony sprzęt. D.K01.
K5: formułowania wniosków z własnych obserwacji. G.K01.
Metody dydaktyczne
Laboratoria:
- metoda obserwacji
- ćwiczenia praktyczne
- analiza wyników badań genetycznych
- metoda klasyczna problemowa
- dyskusja
Metody dydaktyczne podające
- opis
Metody dydaktyczne poszukujące
- ćwiczeniowa
- obserwacji
- laboratoryjna
- projektu
- doświadczeń
- klasyczna metoda problemowa
Rodzaj przedmiotu
przedmiot fakultatywny
Wymagania wstępne
Do realizacji opisywanego przedmiotu niezbędne jest posiadanie podstawowych wiadomości z zakresu biochemii, biologii i genetyki.
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Podstawą do zaliczenia przedmiotu jest poprawne opracowanie zadań w ramach karty ćwiczeń.
Zestaw zadań bioinformatycznych ujętych w karcie ćwiczeń obejmuje m.in. określenie stopnia patogenności mutacji zlokalizowanych w genach powiązanych z występowaniem chorób nowotworowych oraz sposobu zapisu tych zmian w sekwencji DNA na podstawie aktualnych wytycznych opracowanych przez zespół międzynarodowych ekspertów. Wyniki przeprowadzonych prac bioinformatycznych opisywane są w karcie ćwiczeń. Do uzyskania pozytywnej oceny konieczne jest zdobycie 60% punktów.
Procent punktów - Ocena
92-100% - Bardzo dobry
84-91% - Dobry plus
76-83% - Dobry
68-75% - Dostateczny plus
60-67% - Dostateczny
0-59% - Niedostateczny
Literatura
Literatura podstawowa:
1. Bal J. Biologia molekularna w medycynie. PWN, Warszawa 2008
2. G. Drewa, T. Ferenc Genetyka medyczna. Podręcznik dla studentów
3. Słomski R. Analiza DNA. Teoria i praktyka. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, Poznań 2008
Literatura uzupełniająca:
1. Brown T.A. , Gene Cloning and DNA Analysis: An Introduction. Wiley-Blackwell, 2010
2. Korf BR. Genetyka człowieka: rozwiązywanie problemów medycznych. PWN, Warszawa 2003
3. Węgleński P. Genetyka molekularna. PWN, Warszawa 2008
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: