Zajęcia fakultatywne - Bioinformatyka w onkologii 1600-Lek5ZF08-NJ

Liczne badania wskazują, że w trakcie karcynogenezy wiele procesów komórkowych (tj. proliferacja, apoptoza) ulega przeprogramowaniu nadając komórce możliwość niekontrolowanego namnażania i w konsekwencji rozwoju guza nowotworowego. Sugeruje się, że głównym czynnikiem sprawczym tych zmian funkcjonalnych w komórce są mutacje somatyczne i/lub dziedziczne w genomie jądrowym. W związku z powyższym zajęcia „Bioinformatyka w onkologii” dotyczyć będą tych mutacji w genach ludzkich, które zmieniają jakościowo i/lub ilościowo funkcję kodowanych białek i w konsekwencji zmieniają procesy komórkowe prowadząc do karcynogenezy. Laboratoria informatyczne „Bioinformatyka w onkologii” umożliwią zapoznanie studentów z bazami danych oraz narzędziami bioinformatycznymi mającymi zastosowanie w analizie sekwencji nukleotydowej genów, dla których badania funkcjonalne wykazały zaangażowanie w proces nowotworzenia. Warto przy tym zauważyć, że badania pełnogenomowe prowadzone w dziedzinie onkologii w ostatnich latach unaoczniają ogromną złożoność molekularnego profilu genetycznego różnych typów raka, co w pewnym stopniu uzależnione jest od rodzaju tkanki i/lub stadium rozwoju nowotworu.
W związku z powyższym, program zajęć obejmie laboratoria informatyczne, w trakcie których student pozna referencyjne bazy danych oraz narzędzia bioinformatyczne pozwalające scharakteryzować zmienność nukleotydową lokalizującą w obrębie genów, których produkty zaangażowane są w proces transformacji nowotworowej u człowieka. Ponadto studenci scharakteryzują w trakcie zajęć w jakim zakresie mutacje w genach powiązanych z rakiem powodują zmiany w strukturze kodowanych przez nich białek i w konsekwencji w fenotypie klinicznym.
W konsekwencji student uczestniczący w zajęciach zapozna się z referencyjnymi bazami danych oraz narzędziami bioinformatycznymi, które są standardowo wykorzystywane w genetyce onkologicznej, przygotowywaniu raportów medycznych czy też opracowywaniu nowych środków farmakologicznych w leczeniu nowotworów.