Genomika i metagenomika medyczna
1600-BM21GENM-2
W ostatnich latach zbiory danych molekularnych pozyskiwanych w toku badań eksperymentalnych rozszerzają się w postępie geometrycznym. Dane takie jak sekwencje genów i (coraz częściej) całych genomów, sekwencje białek, struktury 3D peptydów, informacje o ekspresji poszczególnych genów i całych grup, zarówno na poziomie RNA (transkryptomy) jak i białek (proteomy) jak również ogromna ilość informacji dodatkowych (modyfikacje epigenetyczne, potranslacyjne, interakcje między makromolekułami itp.) zbierane są w licznych bazach danych. Dostępność wspomnianych informacji zależy nie tylko od dostępności samych baz ale również od kompetencji ich użytkownika.
Celem przedmiotu jest przedstawienie Studentom najnowszych informacji z literatury naukowej związanych z wykorzystaniem informacji genomowych i metagenomowych w badaniach klinicznych oraz aplikacji tej wiedzy na polu szeroko pojętej medycyny. W szczególności zostaną omówione szczegółowe przykłady zastosowań wiedzy genomowej w badaniach nad chorobami cywilizacyjnymi, nowotworami, depresją czy autyzmem. Omówiona zostanie również rola informacji genomowej w pozyskiwaniu nowych leków i opracowywaniu nowatorskich sposobów terapii.
Całkowity nakład pracy studenta
1. Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi:
wykłady: 10 h
seminaria: 10 h
konsultacje związane z przygotowaniem do seminariów: 2 h
przeprowadzenie kolokwium zaliczeniowego: 1 h
Nakład pracy studenta związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi 23h, co odpowiada 1,6 punktom ECTS
2. Bilans nakładu pracy studenta:
wykłady: 10 h
seminaria: 10 h
przygotowanie do seminariów: 30h
czytanie literatury fachowej: 25h
konsultacje:2h
przygotowanie do zaliczenia i zaliczenie: 7h + 1 h = 8h
Łączny nakład pracy studenta wynosi 75h, co odpowiada 3 punktom ECTS
3. Nakład pracy studenta związany z prowadzonymi badaniami naukowymi:
czytanie literatury fachowej: 25h
konsultacje badawczo-naukowe: 2h
udział w wykładach (z uwzględnieniem metodologii badań naukowych, wyników badań, opracowań): 10h
udział w seminariach objętych aktywnością naukową
(z uwzględnieniem metodologii badań naukowych, wyników badań, opracowań): 10h
przygotowanie do seminariów objętych aktywnością naukową: 9h
przygotowanie do kolokwium w zakresie aspektów badawczo -naukowych dla danego przedmiotu: 5h godzin
Łączny nakład pracy studenta związany z prowadzonymi badaniami naukowymi wynosi 51 godziny, co odpowiada 2.04 punkta ECTS
4. Czas wymagany do przygotowania się i do uczestnictwa w procesie oceniania:
przygotowanie do zaliczenia + zaliczenie: 7 + 1 = 8h (0,32 punktu ECTS)
Łączny nakład pracy studenta związany z przygotowaniem się do uczestnictwa w procesie oceniania wynosi 8 godzin, co odpowiada 0,32 punktom ECTS
5. Bilans nakładu pracy studenta o charakterze praktycznym:
Nie dotyczy
6. Czas wymagany do odbycia obowiązkowej praktyki:
Nie dotyczy
Efekty uczenia się - wiedza
W_1: Posiada aktualną wiedzę o osiągnięciach naukowych w zakresie genomiki i metagenomiki – (K_W01)
W_2: Zna i rozumie metody badawcze stosowane w badaniach genomowych i metagenomowych – (K_W06)
W_3: Zna metody statystyczne stosowane w analizie wyników badań genomowych i metagenomowych oraz potrafi zinterpretować wyniki uzyskane tymi metodami – (K_W09)
W_4: Potrafi korzystać z genomowych baz danych oraz baz literatury naukowej poświęconych tematyce badań genomowych – (K_W12)
Efekty uczenia się - umiejętności
U_1: Potrafi korzystać z literatury naukowej z zakresu genomiki – (K_U01)
U_2: Potrafi ocenić wiarygodność danych genomowych w kontekście eksperymentu, w którym zostały pozyskane oraz innych danych z podobnych eksperymentów – (K_U02)
U_3: Potrafi przygotować prezentację przekazującą wiedzę o badaniach z zakresu genomiki i metagenomiki – (K_U08, K_U09, K_U10)
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
K_1: Rozumie potrzebę zdobywania aktualnych informacji z dziedziny badań nad genomami i metagenomami – (K_K03)
K_2: Rozumie ograniczenia swojej wiedzy w zakresie genomiki i metagenomiki oraz potrafi korzystać z wiedzy specjalistów w tej dziedzinie – (K_K04)
K_3: Potrafi wskazać zagrożenia wynikające z badań w zakresie genomiki i metagenomiki oraz wskazać sposoby zapobiegania ich wystąpieniu – (K_K09)
Metody dydaktyczne
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- seminarium
- klasyczna metoda problemowa - projektu- pogadanka
- prezentacja multimedialna.
Metody dydaktyczne podające
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład problemowy
Metody dydaktyczne poszukujące
- seminaryjna
Metody dydaktyczne w kształceniu online
- metody służące prezentacji treści
- metody wymiany i dyskusji
Rodzaj przedmiotu
przedmiot fakultatywny
Wymagania wstępne
Wiedza podstawowa z następujących dziedzin:
biologia ogólna
biologia molekularna
matematyka
informatyka
inżynieria genetyczna
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Forma i warunki zaliczenia przedmiotu:
Warunkiem zaliczenia przedmiotu jest uzyskanie pozytywnej oceny z zaliczenia końcowego. – W_1, W_2, W_3, W_4, U_1, U_2, U_3, K_1, K_2 i K_3
Forma i warunki zaliczenia końcowego:
Oceny z seminariów przygotowywanych przez studentów.
Kolokwium zaliczeniowe.
Skala ocen: 2-5 gdzie 2 jest oceną negatywną.
Ocena końcowa stanowi średnią ocen z egzaminu końcowego i ćwiczeń, przy czym pozytywna ocena z ćwiczeń warunkuje dopuszczenie do egzaminu. Warunkiem zaliczenia przedmiotu jest uzyskanie pozytywnej oceny z egzaminu.
Praktyki zawodowe
W ramach przedmiotu nie są prowadzone praktyki zawodowe.
Literatura
Literatura podstawowa:
Treść wykładu
Literatura uzupełniająca:
Brown T. A., Genomes 3. BIOS Scientific Publisher, 2006.
Alberts B. et al., Molecular biology of the cell. 5th ed., Garland Publishing 2008.
Strachan W., Human molecular genetics 4th ed. BIOS Scientific Publisher, 2010.
Griffiths A. J. F., Gelbart W. M., Lewontin R. C., , Wessler S.R., Suzuki D. T., Miller J. H. Introduction to genetic analysis 10th edition. W. H. Freeman & Co. 2010.
Singleton P., Bakterie w biologii, biotechnologii i medycynie. PWN, Warszawa 2000.
Korf B. R., Genetyka człowieka: rozwiązywanie problemów medycznych. PWN, Warszawa 2003.
Węgleński P., Genetyka molekularna. PWN, Warszawa 2008.
Słomski R. Analiza DNA. Teoria i praktyka. Wydawnictwo Uniwersytetu Przyrodniczego w Poznaniu, 2008.
Drewa G., Ferenc T., Genetyka medyczna, Elsevier Urban & Partner, Wrocław 2011.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: