Bioinformatyka i biomodelowanie 0800-BK-BIOINMO

Celem zajęć jest przedstawienie studentom algorytmów stosowanych w bioinformatyce do ułatwienia analizy ogromnych ilości danych. Osobom uczęszczającym na kurs zostaną przybliżone zagadnienia biologii takie jak badanie genów. Dowiedzą się one, do czego potrzebne są bazy danych i jak je przeszukiwać żeby przykładowo znaleźć określony gen. Zajęcia będą dotyczyć także badania białek oraz tego, jak z pomocą komputerów można rozwiązywać ważne problemy w tej dziedzinie.

Całkowity nakład pracy studenta

Ćwiczenia - 30 godzin

Efekty uczenia się - wiedza

W1 - student orientuje się w budowie komórki, potrafi opisać podstawowe substancje występujące w materii ożywionej takie jak DNA, białka i cukry, W1 - wie, jakie są dostępne bazy danych związane z biologią i medycyną, zna zaawansowane narzędzia do wyszukiwania i porównywania sekwencji genetycznych W3 - rozumie metody komputerowego symulowania działania białek, orientuje się w zastosowaniach i ich ograniczeniach

Efekty uczenia się - umiejętności

U1 - student potrafi przeszukiwać bazy danych bioinformatycznych, samodzielnie zdobywać wiedzę i wyciągać wnioski U2 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwe do typowych zadań U2 - student potrafi używać prgramów do wizualizacji dynamiki molekularnej U3 - student potrafi przygotować układ do dynamiki molekularnej

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne

K1 - rozumie zalety łączenia wiedzi z zakresu biologii i chemii z metodami komputerowymi, badań interdyscyplinarnych K2 - potrafi samodzielnie wyszukiwac wiedzę i rozwiązywac problemy K3 - potrafi jasno przekazywac wiedzę

Metody dydaktyczne

Prezentacja, ćwiczenia

Metody dydaktyczne podające

- opis
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład konwersatoryjny

Metody dydaktyczne poszukujące

- laboratoryjna
- ćwiczeniowa
- studium przypadku

Rodzaj przedmiotu

przedmiot fakultatywny

Koordynatorzy przedmiotu

Łukasz Pepłowski

Kryteria oceniania

Zaliczenie zajęć (na ocenę) odbywać się będzie na podstawie obecności oraz projektów zaliczeniowych sprawdzających wiedzę i umiejętności opracowywanych w grupach lub indywidualnie

Literatura

"Blast" I. Korf, M. Yandell J. Bedell wyd. O'REILLY 2003
"Bioinformatyka" A. Baxevanisa B. Ouellette'a, wyd. PWN Warszawa 2004
D. W. Heerman, "Podstawy symulacji komputerowych w fizyce", WNT, 1997

Więcej informacji

Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb:

Strona przedmiotu 0800-BK-BIOINMO w USOSweb