Biologiczne i medyczne bazy danych
0800-BIOMBD
Celem zajęć jest przybliżenie studentom zagadnień związanych z przeszukiwaniem i łączeniem ze sobą informacji z internetowych baz danych biologicznych i medycznych, takich jak bazy danych sekwencji genomowych i białkowych, baza danych struktur białkowych, baza danych chorób i lekarstw. W trakcie zajęć studenci dowiedzą się nie tylko jak zbudowana jest typowa baza danych, ale też poznają mechanizmy przeszukiwania sekwencyjnych baz danych, a w przypadku studentów informatyki stosowanej nauczą się programować narzędzia do przeszukiwania baz danych. Studenci dowiedzą się w jaki sposób łączyć ze sobą informacje z różnych baz danych, tak aby wyciągnąć porządane wnioski
Całkowity nakład pracy studenta
Godziny realizowane z udziałem nauczycieli ( 35 godz.):
- udział w wykładach -15 godzin
- udział w ćwiczeniach – 15 godzin
- konsultacje z nauczycielem akademickim- 5 godzina
Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta ( 40 godz.):
- przygotowanie do ćwiczeń – 15 godziny
- pisanie prac, projektów - 15 godziny
- czytanie literatury- 10 godziny
Łącznie: 75 godz. (3 ECTS)
Efekty uczenia się - wiedza
W1 - posiada wiedzę w zakresie chemii, informatyki i biologii niezbędną do wyszukiwania informacji w bazach danych, Potrafi samodzielnie zbudować prostą bazę danych i przeszukiwać ją ( informatyka stosowana K_W01; fizyka K_W01; fizyka techniczna K_W01)
W2 - zna podstawowe prawa rządzące w biologii, biologii molekularnej, chemii; potrafi opisać podstawowe składniki materii ożywionej, oraz szukać informacji o niej w bazach danych. Potrafi znajdować informacje o lekach (informatyka stosowana K_W05, fizyka K_W05, fizyka techniczna K_W02)
W3 - rozumie rolę eksperymentu informatycznego w metodologii badań naukowych; posiada świadomość ograniczeń technicznych i technologicznych oprogramowania w przeszukiwaniu baz danych (informatyka stosowana K_W06, fizyka K_W02, fizyka techniczna K_W03)
W4 - zna podstawowe bazy danych związanych z biologią i medycyną, zna zaawansowane narzędzia do poszukiwania informacji ważnych w biologii chemii i medycynie (informatyka stosowana K_W01, fizyka techniczna K_W07)
W5 - posiada wiedzę pozwalającą w ponadpodstawowy sposób pracować samodzielnie, jak i w grupie, pełniąc różnego typu role zawodowe (informatyka stosowana K_W04)
W6 - posiada szczegółową wiedzę związaną ze studiowaną specjalnością (informatyka stosowana, Fizyka techniczna K_W06)
W7 - ma pogłębioną wiedzę z matematyki przydatną do zaawansowanych aspektów bioinformatyki (informatyka stosowana i fizyka techniczna K_W01)
Efekty uczenia się - umiejętności
U1 - efektywnie umie szukać niezbędnych informacji do rozwiązywania problemóU1 - efektywnie umie szukać niezbędnych informacji do rozwiązywania problemów informatycznych, posiada umiejętność saU1 - efektywnie umie szukać niezbędnych informacji do rozwiązywania problemów informatycznych, posiada umiejętność samodzielnego wyszukiwania i wykorzystywania informacji z zakresu informatyki i powiązanych dziedzin (np, bioinformatyka, biologiczne i megyczne bazy danych) (informatyka stosowana, fizyka techniczna K_U01)
U2 - posiada rozszerzone umiejętności samodzielnej pracy, potrafi określić niezbędny zakres wiedzy, jaki trzeba zdobyć, by zrealizować określony projekt informatyczny, posiada umiejętność zdobywania wiedzy/douczania się, rozwijania swojej wiedzy, wykorzystuje przy tym różnorodne techniki dostępu do informacji (informatyka stosowana KU_04 oraz K_U05, Fizyka techniczna K_U09)
U3 - potrafi zaprojektować rozszerzenia lub ulepszenia do projektów informatycznych, zwiększyć efektywność, stosując bardziej zaawansowane algorytmy, bądź zmienić technologie urządzeń infrastruktury informatycznej (informatyka stosowana K_U07)
U4 - posiada umiejętność wykorzystywania zasobów programistycznych i baz danych związanych ze studiowaniem specjalności (informatyka stosowana K_U09)
U5 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych związanych z tworzeniem i użytkowaniem biologicznych i medycznych baz danych (informatyka stosowana K_U11)
U6 – Potrafi przedstawić w formie pisemnej lub ustnej uzyskane wyniki z przeszukiwań baz danych, potrafi prowadzić debatę ze specjalistami. (Fizyka techniczna K_U07)
modzielnego wyszukiwania i wykorzystywania informacji z zakresu informatyki i powiązanych dziedzin (np, bioinformatyka, biologiczne i megyczne bazy danych) (informatyka stosowana, fizyka techniczna K_U01)
U2 - posiada rozszerzone umiejętności samodzielnej pracy, potrafi określić niezbędny zakres wiedzy, jaki trzeba zdobyć, by zrealizować określony projekt informatyczny, posiada umiejętność zdobywania wiedzy/douczania się, rozwijania swojej wiedzy, wykorzystuje przy tym różnorodne techniki dostępu do informacji (informatyka stosowana KU_04 oraz K_U05, Fizyka techniczna K_U09)
U5 - potrafi zaprojektować rozszerzenia lub ulepszenia do projektów informatycznych, zwiększyć efektywność, stosując bardziej zaawansowane algorytmy, bądź zmienić technologie urządzeń infrastruktury informatycznej (informatyka stosowana K_U07)
U6 - posiada umiejętność wykorzystywania zasobów programistycznych i baz danych związanych ze studiowaniem specjalności (informatyka stosowana K_U09)
U7 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych związanych z tworzeniem i użytkowaniem biologicznych i medycznych baz danych (informatyka stosowana K_U11)
U8 – Potrafi przedstawić w formie pisemnej lub ustnej uzyskane wyniki z przeszukiwań baz danych, potrafi prowadzić debatę ze specjalistami. (Fizyka techniczna K_U07)
w informatycznych, posiada umiejętność samodzielnego wyszukiwania i wykorzystywania informacji z zakresu informatyki i powiązanych dziedzin (np, bioinformatyka) (informatyka stosowana K_U01)
U2 - posiada rozszerzone umiejętności samodzielnej pracy, potrafi określić niezbędny zakres wiedzy, jaki trzeba zdobyć, by zrealizować określony projekt informatyczny, posiada umiejętność zdobywania wiedzy/douczania się, rozwijania swojej wiedzy, wykorzystuje przy tym różnorodne techniki dostępu do informacji (informatyka stosowana K_U03)
U5 - potrafi zaprojektować rozszerzenia lub ulepszenia do projektów informatycznych, zwiększyć efektywność, stosując bardziej zaawansowane algorytmy, bądź zmienić technologie urządzeń infrastruktury informatycznej (informatyka stosowana K_U07)
U6 - posiada umiejętność wykorzystywania zasobów programistycznych i baz danych związanych ze studiowaniem specjalności (informatyka stosowana K_U09)
U7 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność rutynowych metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwą metodę i narzędzia do typowych zadań informatycznych (informatyka stosowana K_U17)
U8 - potrafi planować i przeprowadzać proste eksperymenty, interpretować uzyskane wyniki i wyciągać wnioski (informatyka stosowana K_U04, fizyka techniczna K_U03, fizyka K_U03)
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
K1 - rozumie potrzebę ciągłego dokształcania powodowanego pojawianiem się nowych osiągnięć, nowych technologii, etc. rozumie potrzebę wymiany informacji w grupach osób zajmujących się informatyką, rozumie możliwości jakie daje edukacja akademicka, Potrafi krytycznie oceniać posiadaną wiedzę (informatyka stosowana K_K01, fizyka K_K01, fizyka techniczna K_K01)
K2 - ma świadomość skutków wadliwie działających systemów informatycznych takich jak budowane przez studenta bazy danych i narzędzia wyszukiwania w bazach danych, które mogą doprowadzić do strat moralnych i finansowych, a nawet utraty zdrowia czy zagrożenia życia (informatyka stosowana K_K02)
K3 - potrafi wykazać się skutecznością w realizacji projektów o charakterze społecznym, naukowo-badawczym z zakresu analizy biologicznych i medycznych baz danych, wchodzących w program studiów lub realizowanych poza studiami (informatyka stosowana K_K05, fizyka K_K03 )
K4 - potrafi przekazać informację o osiągnięciach informatyki i różnych aspektach zawodu informatyka w sposób powszechnie zrozumiały (informatyka stosowana K_U06)
K5 – rozumie potrzebę popularyzacji informacji o biologicznych i medycznych bazach danych. (fizyka techniczna K_K03)
Metody dydaktyczne podające
- wykład konwersatoryjny
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- opis
Metody dydaktyczne poszukujące
- ćwiczeniowa
- laboratoryjna
Wymagania wstępne
Wiedza z zakresu szkoły średniej z Fizyki, chemii i biologii. Podstawy użytkowania systemu Linux. Dla studentów Informatyki Stosowanej podstawy programowania.
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Zaliczenie zajęć (na ocenę) odbywać się będzie na podstawie obecności oraz projektów zaliczeniowych sprawdzających wiedzę i umiejętności opracowywanych w grupach lub indywidualnie (W1, W2, W3, W4, W5, W6, W7 ,U1, U2, U3, U4, U5, U6, U7, U8, K2, K3, K4).
Literatura
"Blast" I. Korf, M. Yandell J. Bedell wyd. O'REILLY 2003
"Bioinformatyka" A. Baxevanisa B. Ouellette'a, wyd. PWN Warszawa 2004
"Bioinformatyka i ewolucja molekularna" P. Higgs, T. Attwood, wyd. PWN Warszawa 2011
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: