Bioinformatyka i biomodelowanie
0800-BIOINMO
Celem zajęć jest przedstawienie studentom algorytmów stosowanych w bioinformatyce do ułatwienia analizy ogromnych ilości danych. Osobom uczęszczającym na kurs zostaną przybliżone zagadnienia biologii takie jak badanie genów. Dowiedzą się one, do czego potrzebne są bazy danych i jak je przeszukiwać żeby przykładowo znaleźć określony gen. Zajęcia będą dotyczyć także badania białek oraz tego, jak z pomocą komputerów można rozwiązywać ważne problemy w tej dziedzinie.
Całkowity nakład pracy studenta
Ćwiczenia - 30 godzin
Efekty uczenia się - wiedza
W1 - student orientuje się w budowie komórki, potrafi opisać podstawowe substancje występujące w materii ożywionej takie jak DNA, białka i cukry,
W1 - wie, jakie są dostępne bazy danych związane z biologią i medycyną, zna zaawansowane narzędzia do wyszukiwania i porównywania sekwencji genetycznych
W3 - rozumie metody komputerowego symulowania działania białek, orientuje się w zastosowaniach i ich ograniczeniach
Efekty uczenia się - umiejętności
U1 - student potrafi przeszukiwać bazy danych bioinformatycznych, samodzielnie zdobywać wiedzę i wyciągać wnioski
U2 - potrafi ocenić, na podstawowym poziomie, przydatność metod i narzędzi informatycznych oraz wybrać i zastosować właściwe do typowych zadań
U2 - student potrafi używać prgramów do wizualizacji dynamiki molekularnej
U3 - student potrafi przygotować układ do dynamiki molekularnej
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
K1 - rozumie zalety łączenia wiedzi z zakresu biologii i chemii z metodami komputerowymi, badań interdyscyplinarnych
K2 - potrafi samodzielnie wyszukiwac wiedzę i rozwiązywac problemy
K3 - potrafi jasno przekazywac wiedzę
Metody dydaktyczne
Prezentacja, ćwiczenia
Rodzaj przedmiotu
przedmiot fakultatywny
Wymagania wstępne
Podstawy programowania, znajomość systemu Unix.
Koordynatorzy przedmiotu
Literatura
"Blast" I. Korf, M. Yandell J. Bedell wyd. O'REILLY 2003
"Bioinformatyka" A. Baxevanisa B. Ouellette'a, wyd. PWN Warszawa 2004
D. W. Heerman, "Podstawy symulacji komputerowych w fizyce", WNT, 1997
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i
terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: