Algorithms on string with applications in genomics 0800-ALGOGEN
Wykład wprowadza oraz ilustruje na przykładzie konkretnych zastosowań algorytmy porównywania łancuchów w kontekście analizy sekwencji biologocznych, w tym DNA. Wykład polączony jest z projektami, w ramach których studenci pogłębiają zroumienie zagadnień algorytmicznych i poprzez implementację oraz zastosowania do konkretnych problemów rozszerzają swoją wiedzę na temat genomiki, jak również nabywają umiejętność użycia standardowych pakietów porównywania (nakładania) odczytów DNA na genomy referencyjne, w tym pakietu BOWTIE. Przykłady projektów to wyznaczanie markerów genomowych na podstawie wyszukiwania tandem repeats, analiza mismatches w kontekście metod opartych na transformacji Barrows-Wheeler oraz programowanie dynamiczne dla prblemu overlap matches.
Całkowity nakład pracy studenta
Efekty uczenia się - wiedza
Efekty uczenia się - umiejętności
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
Metody dydaktyczne
Metody dydaktyczne eksponujące
- symulacyjna (gier symulacyjnych)
Metody dydaktyczne podające
- wykład problemowy
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
Metody dydaktyczne poszukujące
- oxfordzka
- giełda pomysłów
- seminaryjna
Rodzaj przedmiotu
Wymagania wstępne
Kryteria oceniania
Ocena uczestnictwa z konwersatoryjnych modułach wykładu oraz ocena projektów, wlączając prezentację wyników.
Literatura
Gusfield, Algorithms on Strings and Trees.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: