Chemia obliczeniowa 0600-S2-O-PCT/sr
W ramach laboratorium omawiane i ćwiczone są następujące zagadnienia: podstawy systemu operacyjnego Linux, edytor tekstu vi, podstawy teorii grup, w tym określanie grup punktowych cząsteczek, struktura pliku inputowego, określanie geometrii cząsteczki (współrzędne kartezjańskie i współrzędne wewnętrzne (macierz Z)), podstawowe komendy programu Gamess, egzekucja zadań, struktura pliku outputowego, podstawy korzystania z programu graficznego Molden, obliczenia energii całkowitej układu ("single point" (SP)), optymalizacja geometrii, analiza drgań normalnych, bazy funkcyjne, metoda Hartree-Focka.
1. Podstawy systemu operacyjnego Linux.
2. Edytor tekstu vi.
3. Podstawy programu obliczeniowego Gamess:
a) ogólne wymagania programu
b) struktura pliku inputowego
c) określanie grupy punktowej cząsteczek
d) podstawowe komendy programu obliczeniowego Gamess
e) egzekucja zadań
f) podstawowe błędy użytkownika
4. Określanie geometrii cząsteczki (współrzędne kartezjańskie i macierz Z)
5. Struktura pliku outputowego.
6. Podstawy programu graficznego Molden.
a) Molden jako edytor macierzy Z
b) Molden jako pomoc w wizualizacji wyników
7. Obliczenia energii całkowitej układu (obliczenia SP).
8. Optymalizacja geometrii cząsteczki.
9. Analiza wibracyjna (częstości)
10. Korzystanie z baz funkcyjnych
a) bazy z biblioteki własnej programu
b) wpisywanie bazy funkcyjnej ze źródła zewnętrznego
c) modyfikacja bazy funkcyjnej
d) wpływ bazy funkcyjnej na uzyskane wyniki
11. Obliczenia w ramach metody Hartree-Focka
Całkowity nakład pracy studenta
Efekty uczenia się - wiedza
Efekty uczenia się - umiejętności
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
Metody dydaktyczne
Metody dydaktyczne poszukujące
- laboratoryjna
Wymagania wstępne
Koordynatorzy przedmiotu
Efekty kształcenia
Student powinien umieć posługiwać się na poziomie podstawowym programen obliczeniowym Gamess oraz programem graficznym Molden, wykonywać obliczenia, analizować wyniki i określać ich wiarygodność.
Kryteria oceniania
Zaliczenie na ocenę (na podstawie aktywności na zajęciach, możliwych krótkich sprawdzianów i projektów własnych).
Praktyki zawodowe
nie dotyczy
Literatura
Literatura podstawowa:
1. Strona internetowa programu Gamess:
https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/index.html
2. Strona internetowa programu Molden:
https://www3.cmbi.umcn.nl/molden/
3. Notatki własne prowadzącego.
Literatura uzupełniająca:
1. W. Kołos, Chemia kwantowa, PWN, 1975
2. L. Piela - Idee chemii kwantowej, PWN 2003.
3. F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, Wiley, Germany, 2008.
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: