Chemia obliczeniowa 0600-S2-O-PCT

1. Podstawy systemu operacyjnego Linux.
2. Edytor tekstu vi.
3. Podstawy programu obliczeniowego Gamess:
a) ogólne wymagania programu
b) struktura pliku inputowego
c) określanie grupy punktowej cząsteczek
d) podstawowe komendy programu obliczeniowego Gamess
e) egzekucja zadań
f) podstawowe błędy użytkownika
4. Określanie geometrii cząsteczki (współrzędne kartezjańskie i macierz Z)
5. Struktura pliku outputowego.
6. Podstawy programu graficznego Molden.
a) Molden jako edytor macierzy Z
b) Molden jako pomoc w wizualizacji wyników
7. Obliczenia energii całkowitej układu (obliczenia SP).
8. Optymalizacja geometrii cząsteczki.
9. Analiza wibracyjna (częstości)
10. Korzystanie z baz funkcyjnych
a) bazy z biblioteki własnej programu
b) wpisywanie bazy funkcyjnej ze źródła zewnętrznego
c) modyfikacja bazy funkcyjnej
d) wpływ bazy funkcyjnej na uzyskane wyniki
11. Obliczenia w ramach metody Hartree-Focka

Całkowity nakład pracy studenta

1. Godziny realizowane z udziałem nauczyciela: udział w laboratorium: 30 godz. 2. Praca własna przygotowanie do laboratorium 30 godz. Razem 60 godz (3 pkt. ECTS)

Efekty uczenia się - wiedza

W1: Student zna struktury plików .inp i .out. W2: Student zna podstawowe komendy programu obliczeniowego Gamess. W3: Student zna podstawowe możliwości programu obliczeniowego Gamess. W4: Student zna możliwości programu graficznego Molden. K_W02, K_W08

Efekty uczenia się - umiejętności

Po ukończeniu laboratorium z chemii obliczeniowej student powinien umieć przeprowadzić elementarne obliczenia za pomocą programu obliczeniowego Gamess (w szczególności umieć pisać pliki inputowe, poprawiać błędy w tych plikach, umieć znaleźć ważne wyniki numeryczne w otrzymanych plikach outputowych), analizować otrzymane wyniki oraz ocenić stopień ich wiarygodności. Student powinien umieć korzystać z programu graficznego Molden. K_U01, K_U10

Efekty uczenia się - kompetencje społeczne

Student zna ograniczenia własnej wiedzy i rozumie potrzebę dalszego uczenia się przez całe życie; potrafi samodzielnie podjąć działania w celu poszerzania i pogłębiania wiedzy chemicznej.Potrafi odpowiednio określić priorytety służące rozwiązaniu określonego przez siebie lub innych problemu chemicznego. Ma świadomość profesjonalizmu, doceniania uczciwości intelektualnej i przestrzegania etyki zawodowej, zarówno w działaniach własnych, jak i innych osób. Potrafi formułować i przedstawiać opinie na temat podstawowych zagadnień chemicznych i osiągnięć w tej dyscyplinie. K_K01, K_K05, K_K06, K_K07

Metody dydaktyczne

Metody dydaktyczne poszukujące – laboratorium komputerowe. Zajęcia w laboratorium, czyli pracowni komputerowej, polegają na pracy wspólnie z prowadzącym zajęcia oraz pracy samodzielnej, zakończonej wykonaniem własnego projektu.

Metody dydaktyczne poszukujące

- projektu
- laboratoryjna

Wymagania wstępne

Dobrze widziana, choć nie konieczna, podstawowa wiedza z chemii kwantowej.

Koordynatorzy przedmiotu

Mirosław Jabłoński

Kryteria oceniania

Zaliczenie na ocenę (na podstawie oceny pracy na pracowni, aktywności, projektów własnych i możliwych krótkich sprawdzianów).

Praktyki zawodowe

nie dotyczy

Literatura

Literatura podstawowa:

1. Strona internetowa programu Gamess:
https://www.msg.chem.iastate.edu/gamess/index.html
2. Strona do ćwiczenia wyznaczania grupy punktowej cząsteczki:
https://symotter.org/
3. Strona internetowa programu Molden:
https://www.theochem.ru.nl/molden/
4. Strona z bazami funkcyjnymi:
https://www.basissetexchange.org/

Literatura uzupełniająca:

F. Jensen, Introduction to Computational Chemistry, Wiley, Germany, 2008.

Więcej informacji

Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb:

Strona przedmiotu 0600-S2-O-PCT w USOSweb