Elementy chemii obliczeniowej i bioinformatyki 0600-S2-ChK-EChOBI
Wykład: rozwój chemii obliczeniowej w Polsce i na świecie, przegląd zastosowań i możliwości metod chemii obliczeniowej, rozwój poglądów na budowę atomu i cząsteczki, półempiryczne metody chemii obliczeniowej w przeszłości i obecnie, metoda Huckla i przykłady jej zastosowań do przewidywania reaktywności cząsteczek organicznych oraz ich właściwości spektroskopowych, przegląd przybliżeń stosowanych w chemii obliczeniowej współcześnie z naciskiem na ich zastosowania i ograniczenia, opis biocząsteczek, podstawy genomiki i proteomiki, projekt poznania ludzkiego genomu, bazy danych struktur białek, bazy genomów, porównywanie funkcji białek, porównywanie genomów organizmów żywych.
Laboratorium: podstawy obsługi i konfiguracji systemu operacyjnego pod kątem wykorzystania narzędzi chemii obliczeniowej, podstawowe programy do wizualizacji i edycji danych obliczeniowych, przykładowe zastosowania metod obliczeniowych chemii kwantowej do badania struktury cząsteczek, ich właściwości spektroskopowych i elektronowych oraz ich reaktywności ze szczególnym uwzględnieniem układów molekularnych stosowanych w chemii kosmetycznej, bazy danych struktur białkowych, bazy danych genomów, modelowanie białek przez homologię, wykorzystanie baz danych do określania funkcji białka, porównywanie genomu u organizmów żywych, analiza filogenetyczna.
Całkowity nakład pracy studenta
Efekty uczenia się - wiedza
Efekty uczenia się - umiejętności
Efekty uczenia się - kompetencje społeczne
Metody dydaktyczne
Metody dydaktyczne eksponujące
Metody dydaktyczne podające
- opowiadanie
- pogadanka
- wykład informacyjny (konwencjonalny)
- wykład konwersatoryjny
Metody dydaktyczne poszukujące
- studium przypadku
Rodzaj przedmiotu
Wymagania wstępne
Koordynatorzy przedmiotu
Kryteria oceniania
Wykład: Egzamin pisemny – W1, U1
Laboratorium: Wykonanie projektu obliczeniowego na temat zgodny z zainteresowaniami studenta – W1, U1, K1, K2
Praktyki zawodowe
Nie dotyczy
Literatura
Literatura podstawowa:
1. Chemia obliczeniowa w laboratorium organicznym, Anna Kaczmarek-Kędziera, Marta Ziegler-Borowska, Dariusz Kędziera, Wydawnictwo Naukowe UMK, Toruń, 2014.
2. Chemia organiczna (część 1), Jonathan Clayden, Nick Greeves, WNT 2014.
3. Białka i peptydy, Shawn Doonan, Wydawnictwo Naukowe PWN 2008.
4. Bioinformatyka. Podręcznik do analizy genów i białek, Andreas D. Baxevanis, B.F. Francis Ouellette, Wydawnictwo Naukowe PWN 2004.
5. Bioinformatyka i ewolucja molekularna, Teresa K. Attword, Paul G. Higgs, Wydawnictw Naukowe PWN 2011.
Literatura uzupełniająca:
1. Elementarne metody chemii kwanrowej, Andrzej J. Sadlej, Wydawnictwo Naukowe PWN 1969.
2. Elementy chemii kwantowej sposobem niematematycznym wyłożone, Włodzimierz Kołos, PWN, 1986.
3. Molecular orbitals and organic chemical reactions, Ian Fleming, Wiley 2010.
|
W cyklu 2021/22Z:
(do 65 tys. znaków) |
W cyklu 2022/23Z:
(do 65 tys. znaków) |
W cyklu 2023/24Z:
(do 65 tys. znaków) |
W cyklu 2024/25Z:
(do 65 tys. znaków) |
Więcej informacji
Dodatkowe informacje (np. o kalendarzu rejestracji, prowadzących zajęcia, lokalizacji i terminach zajęć) mogą być dostępne w serwisie USOSweb: