Chemia biomolekuł 0600-S1-CM-PW7a-IV

Celem kursu jest poszerzenie i ugruntowanie wiedzy dotyczącej struktury biomolekuł oraz zapoznanie uczestnika z terminologią metod chemii obliczeniowej i dostępnymi narzędziami. Blok obejmuje zagadnienia związane z budową atomu i cząsteczek: zagadnienia struktury elektronowej, wpływu symetrii na właściwości molekularne, podstaw stereochemii, oddziaływań międzymolekularnych kluczowych dla aktywności biomolekuł oraz reaktywności związków biorących udział w procesach biologicznych. Zagadnienia te będą omawiane przy wykorzystaniu prostych narzędzi chemii obliczeniowej. Przedstawione zostaną wady i zalety powszechnie stosowanych przybliżeń klasycznych i kwantowych w kontekście struktury i właściwości biocząsteczek. Laboratorium komputerowe stawia nacisk na sposoby formułowania problemu badawczego i konstruowania modelu do obliczeń. Studenci budują trójwymiarowe modele badanych cząsteczek, a następnie przenoszą problem do przestrzeni dwuwymiarowej: na monitor i papier. Prowadzone samodzielne obliczenia dotyczyć będą znaczenia obecności centrów stereogenicznych w cząsteczce dla jej właściwości i oddziaływań, analizy konformacyjnej makrocząsteczek, rozkładu gęstości elektronowej, który pozwala przewidywać reaktywność cząsteczki, stabilizacji struktury biocząsteczek za pomocą wewnątrzcząsteczkowych i międzycząsteczkowych oddziaływań niekowalencyjnych, barier rotacji wokół wiązań peptydowych i glikozydowych, efektu anomerycznego, mutarotacji itp.