Microbiomes and bioinformatics analysis of DNA sequencing data 1700-EMNMM-MAB-PS

(in Polish) 1. Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczyciela: - udział w wykładach: 2 godziny - udział w seminariach: 8 godzin - udział w laboratoriach: 6 godzin Nakład pracy związany z zajęciami wymagającymi bezpośredniego udziału nauczycieli akademickich wynosi 16 godzin, co odpowiada 0,64 punktu ECTS. 2. Bilans nakładu pracy studenta: - udział w wykładach: 2 godziny - udział w seminariach: 8 godzin - udział w laboratoriach: 6 godzin - czytanie wybranego piśmiennictwa naukowego: 15 godzin - przygotowanie do laboratoriów: 10 godzin - przygotowanie do seminariów: 13 godzin - przygotowanie do wykładów: 2 godziny - przygotowanie do zaliczenia i zaliczenie: 8 godzin - przygotowanie do egzaminu i egzamin: 11 godzin Łączny nakład pracy studenta związany z realizacją przedmiotu wynosi 75 godzin, co odpowiada 3 punktom ECTS.

(in Polish) Uczestnik studiów podyplomowych zna i rozumie: W.1 pojęcie sekwencjonowania nowej generacji i jej zastosowanie w analizie mikrobiomu w zdrowiu i chorobach nieinfekcyjnych. Wie jaka jest rola mikrobiomów w relacji do organizmu gospodarza i ma wiedzę na temat społeczności drobnoustrojów, ich wpływu na zdrowie i choroby gospodarza, interakcji pomiędzy dietą, mikrobiomem i gospodarzem; EUS_W14 W.2 możliwości i ograniczenia terapii mikrobiologicznych, ma wiedzę na temat wykorzystania wyników analizy mikrobiomu w diagnostyce, wie w jaki sposób ludzki mikrobiom odgrywa ważną rolę w utrzymaniu prawidłowego funkcjonowania jelit, trawieniu niektórych składników odżywczych, rozwoju we wczesnym okresie życia, w zachowaniu i zaburzeniach, takich jak zespół jelita drażliwego (IBS), otyłość i cukrzyca; EUS_W15 W.3 metodologię sekwencjonowania nowej generacji (NGS) w analizie mikrobiomów, posiada wiedzę na temat tego, jak badać mikrobiom oraz zna podstawowe zasady analizy bioinformatycznej wyników analizy mikrobiomów; EUS_W17

(in Polish) Uczestnik studiów podyplomowych potrafi: U.1 przeprowadzić analizę różnych przypadków klinicznych zdiagnozowanych z wykorzystaniem metod molekularnych stosowanych w medycznym laboratorium diagnostycznym; EUS_U09 U.2 przygotować biblioteki genetyczne do sekwencjonowania NGS pełnych genomów drobnoustrojów oraz mikrobiomów bakteryjnych i grzybiczych; EUS_U10 U.3 przygotować sekwencje plików FASTQ do analizy bioinformatycznej i interpretuje wyniki w odniesieniu do referencyjnych baz danych; EUS_U11 U.4 interpretować wyniki profili taksonomicznych drobnoustrojów oraz wyniki analiz bioróżnorodności, różnicuje mikrobiom na siedmiu poziomach taksonomicznych; EUS_U12 U.5 ocenić złożoność społeczności ludzkiego mikrobiomu, opisać, w jaki sposób ludzki mikrobiom zmienia się przez całe życie człowieka, identyfikuje rolę żywności w modulacji ludzkiego mikrobiomu; EUS_U13 U.6 wyjaśnić funkcje mikrobiomu człowieka w przewodzie pokarmowym, omawić powiązania między ludzkim mikrobiomem a wybranymi chorobami, analizować na poziomie molekularnym interakcje drobnoustrojów ze środowiskiem, analizować w oparciu o poznaną metodologię oraz przeprowadzić dyskusję na temat ludzkiego mikrobiomu i jego związku z codziennym życiem; EUS_U14

(in Polish) Uczestnik studiów podyplomowych gotów jest do: K.1 do współpracy z ekspertami z dziedziny bioinformatyki oraz klinicystami w zakresie powiązania wyników badania sekwencjonowania ze stanem pacjentów; EUS_K09 K.2 doradzenia, zaplanowania, zaprojektowania i wytłumaczenia zasady analizy mikrobiomów wybranych próbek materiału klinicznego; EUS_K10

(in Polish) Wykład: - wykład informacyjny (konwencjonalny); - wykład problemowy z prezentacją multimedialną. Seminarium: - wykład problemowy z prezentacją multimedialną. - analiza przypadków. Laboratoria: - klasyczna metoda problemowa, - metoda ćwiczeniowa, - metoda laboratoryjna, - metoda obserwacji, - studium przypadku.

(in Polish) Uczestnik powinien posiadać podstawową wiedzę z zakresu mikrobiologii, metod sekwencjonowania oraz metod biologii molekularnej.

Additional information (registration calendar, class conductors, localization and schedules of classes), might be available in the USOSweb system:

• Description of 1700-EMNMM-MAB-PS in USOSweb