(in Polish) Molecular dynamics simulations with elements of biophysics 0800-M-MDYSIM

(in Polish) Godziny realizowane z udziałem nauczycieli ( godz.): np. - udział w wykładach – 30 h Czas poświęcony na pracę indywidualną studenta ( godz.): 50 godzin pracy własnej - przygotowanie do egzaminu Łącznie: 80 godz. (3 ECTS)

(in Polish) W1. Student wykorzystuje i pogłębia podstawową wiedzę fizyczną w zakresie mechaniki klasycznej układów wielu ciał – fizyka s2: K_W04; fizyka techniczna s2: K_W01; astronomia S2: K_W01 W2. Posiada zaawansowaną wiedzę na temat symulacji dynamiki molekularnej i elementów fizyki statystycznej fazy skondensowanej, jako części fizyki teoretycznej. fizyka s2: K_W02; fizyka techniczna s2: K_W04; astronomia S2: K_W03 W3. Student zna zaawansowane metody badawcze i wybrane algorytmy numeryczne pozwalające planować i wykonywać złożone symulacje fizyczne, ze szczególnym uwzględnieniem białek i innych cząsteczek o znaczeniu medycznym. fizyka s2: K_W02; fizyka techniczna s2: K_W04; astronomia S2: K_W03 W4. Student zna najnowsze zastosowania metod sztucznej inteligencji do problemu zwijania białek fizyka s2: K_W02; fizyka techniczna s2: K_W04; astronomia S2: K_W01 W5. Student rozumie centralny dogmat biologii molekularnej, mechanizm propagacji impulsów nerwowych i rolę białek w tych procesach fizyka s2: K_W01; fizyka techniczna s2: K_W01; astronomia S2: K_W01

(in Polish) U1: Student potrafi samodzielnie przygotować białko lub podobny układ fizyczny do symulacji, - fizyka s2: K_U01, K_U04; fizyka techniczna s2: K_U02, K_U03. Astronomia K_U01 U2: Potrafi dobrać warunki symulacji i protokół właściwy dla problemu, K_U01, K_U04; fizyka techniczna s2: K_U02, K_U03. Astronomia K_U01 U3: Potrafi wykonać podstawowe symulacje na klastrze linuxowym i potrafi zinterpretować wyniki obliczeń teoretycznych na podstawowym poziomie i ocenić ich dokładność. Fizyka: K_U01, K_U04; fizyka techniczna s2: K_U02, K_U03. Astronomia K_U01 U4: Potrafi ze zrozumieniem głównych pojęć czytać literaturę związaną z modelowaniem Fizyka:K_U03, K_U05; fizyka techniczna s2: K_U04. Astronomia K_U05 U5. Student potrafi proponować tworzenie modeli fizycznych dla złożonych zjawisk biologicznych na poziomie molekularnym Fizyka: K_U01; fizyka techniczna s2: K_U02, K_U05. Astronomia K_U01

(in Polish) K1 Ma świadomość interdyscyplinarności nauki i wpływu fizyki na biologię, medycynę i projektowanie leków – fizyka s2: K_K03, fizyka techniczna s2: K_K02 , astronomia K_K01 K2 Docenia znaczenia modelowania komputerowego w odniesieniu do dynamiki układów złożonych, analogie do społeczeństwa. Dostrzega, że rozwój technik symulacji wpływa na poziom życia i zamożność społeczeństwa K3 Rozumie odpowiedzialność badacza proponującego nowe leki K4 Dostrzega związek metod fizyki i informatyki ze zdrowiem - poznawanie mechanizmów chorób, poszukiwanie nowych leków. K5 Rozumie, że dokonywanie symulacji oszczędza cierpienia zwierzętom laboratoryjnym. – fizyka s2: K_K03, fizyka techniczna s2: K_K02 , astronomia K_K01

(in Polish) Metoda dydaktyczna podająca: - wykład informacyjny (konwencjonalny), ilustrowany animacjami

- simulation (simulation games)

- informative (conventional) lecture

(in Polish) Podstawowa wiedza z fizyki ogólnej (mechaniki) i analizy matematycznej Ukończone studia licencjackie na kierunku ścisłym lub przyrodniczym. Podstawowa znajomość analizy matematycznej i algebry

Additional information (registration calendar, class conductors, localization and schedules of classes), might be available in the USOSweb system:

• Description of 0800-M-MDYSIM in USOSweb